Построение поверхности


PURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-PURF-OPERATOR COMPLEX в природе является гомодимером. Структура 1PNR имеет только одну цепь А, поэтому возьмем ее биологическую единицу (димер). Для этого используем команду:

symexp sym, 1PNR, 1PNR, 2

С помощью PyMOL были посторены изображения различных поверхностей димера пуринового репрессора с ДНК 1PNR. Они показаны на рис.2 - 4.


Рис.1. Комплекс гомодимера пуринового репрессора с ДНК 1PNR Мономеры показаны разными цветами.

Рис.2. Поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера

Рис.3. Поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт

Рис.4. Поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

Гидрофобные кластеры

Порог расстояни 4.3 Å, объём кластеров не менее 10 атомов . На странице вывода программы Clud есть файл user_structure.rsc, в котором определены все гидрофобные кластеры и атомы, входящие в них. Были выбраны кластеры, которые находятся близко к участку взаимодействия мономеров (core65, core22, core87, core44, core42):

sel core22, c. A and (////103/CG or ////86/CE2 or ////103/CD or ////86/CD2 or ////86/CZ or ////106/CB or ////86/CE1 or ////107/CZ or ////86/CG or ////86/CD1 or ////86/CB or ////107/CE1 or ////107/CE2 or ////107/CD1 or ////107/CD2 or ////107/CG)

sel core42, c. A and (////230/CB or ////230/SD or ////230/CG or ////254/CB or ////230/CE or ////234/CD1 or ////234/CG or ////263/CD2 or ////261/CE or ////234/CB)

sel core44, c. A and (////252/CB or ////283/CE2 or ////287/CD2 or ////287/CB or ////283/CD2 or ////283/CZ or ////283/CD1 or ////283/CE1 or ////252/CE or ////283/CB)

sel core65, c. A and (////62/CG2 or ////90/CD2 or ////90/CE2 or ////90/CG or ////90/CD1 or ////90/CB or ////302/CZ or ////88/CG or ////302/CE2 or ////306/CD2 or ////88/CB or ////302/CD2 or ////302/CG or ////302/CB or ////84/CB or ////302/CE1 or ////302/CD1 or ////85/SG or ////85/CB)

sel core87, c. A and (////252/CB or ////283/CE2 or ////287/CD2 or ////287/CB or ////283/CD2 or ////283/CZ or ////283/CD1 or ////283/CE1 or ////252/CE or ////283/CB)

Они показаны на рис.5. Далее с помощью Pymol было получено изображение поверхности контакта мономеров, на котором участки поверхности контакта, обращенные к выбранным кластерам показаны синим цветом (рис.6).


Рис.5. Комплекс димера пуринового репрессора с ДНК 1PNR Гидрофобные кластеры, которые находятся близко к участку взаимодействия мономеров показаны шариками.

Рис.6. Поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера Поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером покрашены в желтый цвет. Атомы, входяшие в гидрофобные кластеры представлены в шаровой модели и покрашены в красный цвет. Поверхность, относящаяся к гидрофобным кластерам, которые находятся близко к участку взаимодействия мономеров выделены синим цветом.

Поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером покрашены в желтый цвет. Атомы, входяшие в гидрофобные кластеры представлены в шаровой модели и покрашены в красный цвет. Поверхность, относящаяся к гидрофобным кластерам, которые находятся близко к участку взаимодействия мономеров выделены синим цветом.

© Nuzhdina Ekaterina, 2015