Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
Для белка YqgN (PDB 1YDM, цепь А), который является гомотримером, были выделены домены SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam.
SCOPe
Для структуры белка 1YDM не найдено доменов.
ECOD
Нашлось 3 домена ECOD 5-FTHF_cyc-lig:
Классификация по ECOD:- A: a/b three-layered sandwiches
- X: Rossmann-like
- H: Rossmann-related
- T: NagB/RpiA/CoA transferase-like
- F: 5-FTHF_cyc-lig
CATCH
Нашлось 3 домена NagB/RpiA/CoA transferase-like:
Классификация по CATH:- Класс: Alpha Beta
- Архитектура: 3-Layer(aba) Sandwich
- Топология: Rossmann fold
- Гомологичное суперсемейство: NagB/RpiA/CoA transferase-like
Pfam
Нашелся 1 домен 5-FTHF_cyc-lig:
- PF01812 (4 - 179)
- Количество архитектур: 19
- Количество последовательностей: 2078
- Количсетво взаимодействий: 0
- Количество видов: 1797
- Количество структур: 16
Таким образом, все базы данных находят одинаковые домены, хотя и называют их и классифицируют их немного поразному. Pfam же нашла один домен для A, В, С цепей. И этот домен немного короче, чем найденные в других БД. Такая классификация, на мой взгляд, более разумна. Отличия в последовательности для 3-ех цепей очень маленькие (буквально несколько остатков), поэтому все они подходят под один консенсус для домена с незначительными изменениями.