Использование сайта PDB
Скачайте все последовательности белков, структуры которых определенны при помощи метода электронной микроскопии
Используем вкладку Advances search. Выбираем раздел methods, в нем выбираем Experimental method и ELECTRON MICROSCOPY. Были получены 933 последовательности белков, структуры которых определенны при помощи метода электронной микроскопии в виде одного FASTA файла.
Сравните список структурных гомологов, определенных для вашего белка программой PDBeFold с таким же списком из программы jFATCAT
Был проведен поиск структурных гомологов для цепи А белка 3AIC с помощью PDBeFold и jFATCAT. В PDBeFold (с параметрами по умолчанию) было найдено 25 гомологов, результат представлен в файле reslist.dat. В PDB был найден результат работы алгоритма jFATCAT. Показаны только результаты с P-value < 0.001, также установлен порог на идентичность последовательностей 40%. Найдено всего 2 гомолога. При это ни один хит не совпал с таковым из PDBeFold. Если в PDBeFold взять порог идентичности по последовательности 50%, то найдется уже 38 хитов, результат представлен в файле reslist_2.dat. При этом оба хита, найденные с помощью jFATCAT (3KLK и 4TVC) будут в этой выдаче.
Так же была написана программа, которая может считать файл PDB и сохранить его по указанному id, может выделить из него любую цепь или взять нужную последовательность атомов (от n до m).