Из UniProt были скачаны все описанные идентификаторы ECOLI и BASCU, после они были загружены в Excel c разделением по слбцам, так были получины разные мнемоники, и затем с помощью функции ВПР в программе Excel были выписаны все повторяющиеся белки. Для исследования были выбраны белки с мнемониками: 6PGD, ALF, ACCA.
Для исследования были выбраны белки с мнемониками: 6PGD, ALF, ACCA.
Таблица Excel идентификаторами приведена тут, резутаты выравнивани приведены в таблице 1.
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718,0 | 70% | 83,4% | 3 | 3 |
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 94 | 25,3% | 41% | 98 | 16 |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814,5 | 51,1% | 66% | 14 | 4 |
Таблица 1. Результаты глобального выравнивания
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719 | 70,1% | 83,6% | 3 | 3 | 99,8% | 99,8% |
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 289 | 27,5% | 43,2% | 78 | 12 | 88,02% | 89,1% |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823,5 | 53,8% | 69,6% | 3 | 2 | 97,8% | 95,1% |
Таблица 2. Результаты локального выравнивания
| Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 | |
| Needle | 26 | 12% | 19,4% | 153 | 10 | ||
| Water | 37,5 | 20,9% | 33,1% | 62 | 9 | 55,5% | 83,5% |
Таблица 3. Выравнивание неродственных белков
Для данного выравнивания были выбраны белки TRMN6_ECOLI (tRNA1(Val) (adenine(37)-N6)-methyltransferase) и XKDH_BACSU (Phage-like element PBSX protein XkdH). Как видно из таблицы, данные белки не гомологичны, так как проценты идентичности менее 25%. Это указывает на случайность всех выявленых совпадений.
Множественное выравнивание проводилось для мнемоники ACCA (Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha), поиск пго которой выдал 463 белка. Среди них были выбраны: ACCA_ECOLI, ACCA_ARATH, ACCA_PEA, ACCA_BACSU, ACCA_PSEAE, ACCA_STRPN, ACCA3_MYCLE. Выделив их и сделав выравнивание последовательностей в UniProt(конопка Align). Полученый файл был скачан и загрежен в Jalview. Воспользовавшись функцией Colour, мы окрасили идентичные участки. Интенсивность цвета указывает на процент идентичности. В результате был полоучен файл accaalignment.jvp.
Рассмотренные белки имеют много схожего, встречаются даже полностью идентичные участки: 306-315, 245-249, 194-196. Белок ACCA3_MYCLE больше всего отличается от рассматриваемых.