D-галактонатдегидратаза была получена из бактерии Chromohalobacter salexigens и принадлежит к классу лиаз. Основной функцией является расщепление углерод-кислородной связи D-галактоната с образованием вводы и дегидро-3-дезокси-D-галактоната. Фермент принимает активное участие в метаболизме галактозы[1]. Структура изучена полностью в PDB 4F4R. Данная структура имеет только одну цепь. Реакция: D-mannonate = 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate + H2O [2]
| UniProtKB | Swith-Prot |
| UniProt ID | DMGD_CHRSD |
| UniProt AC | Q1QT89 |
| EMBL | CP000285 |
| PDB ID | 3BSM; 3OW1; 3P93; 3PK7; 3QKE; 3RGT; 4F4R; 4K2S; 4KPL; 4KT2; 4KWS |
| Length | 403 AA |
| Weigth | 45207 Da |
| Recomended name | D-galactonate dehydratase family member ManD |
Chromohalobacter salexigens, о бактерии
Chromohalobacter salexigens - галофильная бактерия, то есть способна обитать в соленых условиях: морях, соленых озерах, засоленых почвах.Впервые были выделены в Бонайре, остров в Карибском море[3].
| Текст запроса: | Всего результатов: |
| name:"d-galactonate dehydratase" | 3768 |
| name:"d-galactonate dehydratase" taxonomy:"oceanospirillales" | 39 |
| name:"d-galactonate dehydratase" organism:"chromohalobacter salexigens strain atcc baa-138 dsm 3043 cip 106854 ncimb 13768 1h11" | 1 |
Таблица 2. Результаты при расширенном поиске
Опираясь на данные таблицы 2, мы можем сделать вывод, что существуют разные варианты поиска данного белка, однако стоит учесть, что чем подробнее в запросе указан белок и его принадлежность, тем больше вероятность, что результаты поиска выдадут наиболее подходящий результат.
| Cluster ID | Size | Organism | Length | Identity | |
| UniRef90_Q1QT89 | 12 | Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11), Chromohalobacter japonicus, Chromohalobacter salexigens, Chromohalobacter marismortui, Halomonas coralii, Chromohalobacter israelensis | 403 | 90% | |
| UniRef50_Q1QT89 | 3,164 | Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11), Salmonella gallinarum (strain 287/91 / NCTC 13346), Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (strain PC1), Escherichia coli (strain MS 21-1), Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC), Escherichia coli (strain K12), Enterobacter sp. (strain 638), Chromohalobacter japonicus, Chromohalobacter marismortu, Chromohalobacter salexigens, And more | 403 | 50% | |
| UniRef100_OQ1QT89 | 2 | Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11) | 403 | 100% |
Таблица 3. Информация о кластерах в UniRef
Изучив данные из таблицы 3, мы можем сделать вывод, что во всех кластерах белок представлен как репрезентативная последовательность. Кластер с 90% идентичностью состоит в своем большинстве так же из различных галлофильных бактерий. Однако кластер с 50% идентичностью предствлен разными видами бактерий: Salmonella gallinarum, различные виды Escherichia coli. Так же в этом кластере встречаются галофильные бактерии.
| Организм | Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11) | Enterobacter sp. (strain 638) [399742] | |
| ID Протеома | UP000000239 | up000000230 | |
| Количество белков | 3298 | 4236 | |
| Swith-Prot % | 12,43% (410) | 16,87% (715) | |
| Количество трансмембранных белков | 729 (22,10%) (Swiss-Prot: 28 (0,84%)) | 894 (21,105%) (Swiss-Prot: 91 (2,148%)) | |
| Ферменты | 938 (28,44%) (Swiss-Prot: 267 (8,09%)) | 1187 (28,02%) (Swiss-Prot: 418 (9,86%)) | |
| Количество оксидоредуктаз | 2 (0,06%) | 6 (0,14%) |
Таблица 4. Сравнение протеомов
Бактерия Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11) почти не изучена. То же самое можно сказать и о бактерии Enterobacter sp. (strain 638) [399742], которая относится к тому же классу Gammaproteobacteria. Ее протеом изучен лучше примерно на 4%. Количество ферментов, в частности оксидоредуктаз, у них примерно одинаково. Однако количество трансмембранных белков у Enterobacter sp. (strain 638) выше. Скорее всего, такое различие обуславливается раличными условиями обитания бактерий. Бактерия Enterobacter sp. (strain 638) [399742] принадлежит к кишечной группе бактерий и обитает, преимущественно, в организмах. В то время как Chromohalobacter salexigens обитает в условиях с повышеной соленостью.
Команда для поиска трансмембранных описанных белков: annotation:(type:transmem) AND reviewed:yes AND organism:"Enterobacter sp. (strain 638) [399742]" AND proteome:up000000230
Команда для поиска трансмембранных не описанных белков: annotation:(type:transmem) AND organism:"Enterobacter sp. (strain 638) [399742]" AND proteome:up000000230
Команда для поиска описанных ферментов:ec:* AND reviewed:yes AND organism:"Enterobacter sp. (strain 638) [399742]" AND proteome:up000000230
Команда для поиска не описанных ферментов:ec:* AND organism:"Enterobacter sp. (strain 638) [399742]" AND proteome:up000000230
Команда для поиска оксидоредуктаз: name:oxidase name:bd AND organism:"Enterobacter sp. (strain 638) [399742]" AND proteome:up000000230