При помощи пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК с последовательностью "gatc".
Скачать структуры можно по прредствленным ниже ссылкам:
Для проведения анализа была выбрана A-форма ДНК.В ней был выбран T15. На рисунке 1 предствлено положение тимина в струтуре (тимин обозначен желтым цветом), на рисунке 2 предствлено изображение тимина, созданное в MarvinSketch. Красным обозначены атомы, обращенные в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
В сторону большой бороздки обращены атомы: T15.N1, T15.C2, T15.O2, T15.N3
В сторону малой бороздки обращены атомы: T15.C4, T15.O4, T15.C5, T15.C7, T15.C6
Так же, были изучены A-, B- и Z-формы ДНК. Полученные данные представлены в таблице ниже.
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 30,97 | 33,78 | 43,62 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 15.74 ([DT]7:A.P #118 - [DC]10:B.P #463) | 18.48 ([DC]15:B.P #283 - [DT]7:A.P #122) | 18.3 ([DC]6:A.P #105 - [DC]32:B.P #638) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 11.21 ([DC]4:B.P #340 - [DG]5:A.P #74) | 8.9 ([DG]10:A.P #181 - [DT]19:B.P #366) | 7.2 ([DG]15:A.P #288 - [DG]29:B.P #575) |
Упражнение 2: Водородные связи
При помощи analyze были определены водородлные связи в тРНК. По ссылке доступен файл с выдачей.
Стебли(stems) вторичной структуры: (2-7,71-66), (49-53,65-61), (37-44, 33-26), (10-12,25-23).
Неканонические пары оснований: U54 - A58, U55-G18, A37-U33, U38-U32, C44-A26, A13-A45, A14-U8, G15-C48.
Дополнительные водородные связи: U54-A58, U55-G18, A13-A45, A14-U8, G15 - C48, G19 -C56.
Упражнение 3: Стекинг-взаимодействия
В данном задании были проанализированы данные о размере площади перекрываний двух последовательных пар азотистых оснований. Файл с данными доступен по ссылке.
Наибольшее занчение представлено парой GU-AC, наименьшее CG-CA.
