Определение функции и таксономии нуклеотидной последовательности
Для выполнения данного задания мы использовали megablast для консенсусной последовательности из практикума 6.
Нами была выбрана база данных "Nucleotide collection(nr/nt)" размер слова 16. В результате мы получили 100 последоввательностей. Из них 52 имеют
e-value равное 0 при проценте идентичности от 89 до 95. Таким образом, мы можем сделать вывод, что наш консесус является субъединицей 1 цитохром
оксидазы и принадлежит роду Ophiopholis. По ссылке доступна выдача blast: ссылка.
Для более доставерного результата, нами был создан проект в Jalview, в который входят 10 последовательностей из выдачи.
При анализе, мы можем сделать вывод, что выбранные нами последовательности гомологичны. Соответственно, мы можем сделать вывод, что данные
последовательности кодируют один и тот же геном.
Поиск генов белков в неаннотированной нуклеотидной последовательности
При выполнении данного пунта использовался контиг Panthera Leo(JAEQMX010000074.1). Его анализ был выполнен с помощью
алгоритма blastx. Основная часть параметров была оставлена по умолчанию, был изменен лишь размер слова и выбран размер 2. Так же из поиска был исключен
сам на организм: Panthera Leo. Таким образом, мы получили следущий результат, доступный по ссылке. С большой вероятностью одним из белков может быть Cation Transport ATPases, который способен использовать энергию АТФ для транспортировки ионов против своих электрохимических градиентов через клеточные мембраны.
Интепретация карты локального сходства гомологичных хромосом двух бактерий
Для данного задания были выбраны бактерии рода Streptomyces: Streptomyces coelicolor A3(2) и
Streptomyces albidoflavus strain J1074(по ссылкам доступны fasta-файлы последовательностей). При помощи алгоритма
megablast было проведено выравнивание этих последовательностей, результат представлен на Рис. 1. На карте имеются большие гомологичные участки,
который и свидетельствует о родстве данных бактерий. Однако присутствуются три инверсии, обведенные фиолетовым цветом.
