Воспользовавшись программой einverted из пакета EMBOSS мы нашли инвертивные участки в нуклеотидных последовательностях и возможные комплиментарные участки в исследуемой тРНК.результаты выдачи сравнивались с результатами программы find_pair из пакета 3DNA. Для программы einverted были использованы следующие параметры:
Программа einverted выдала следующие файлы:
Далее при помощи программы RNAfold была предсказана вторичная структура тРНК(рис. 1).
| Участок структуры | find_pair | einverted | RNAfold |
| Акцепторный стебель | 2...7 -- 71...66 | 1...6 -- 69...64 | 6 |
| D-стебель | 10...12 -- 25...23 | - | 5 |
| T-стебель | 49...53 -- 65...61 | - | 5 |
| Антикодоновый стебель | 37...44 -- 33...26 | - | 3 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 6 | 19 |
Упражнение 1
По ссылке доступен скрипт Jmol, который псоледовательно вызывает необходимые множества атомов.
Упражнение 2
В таблице представлены контакты разного типа в комплексе 1pp8.pdb. По ссылке доступен скрипт Jmol, при помощи которго были получены данные.
| Контакты атомов белка 1pp8 | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 9 | 53 | 62 |
| остатками фосфорной кислоты | 38 | 45 | 83 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 20 | 25 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 6 | 3 | 9 |
Упражнение 3
В данном задании при помощи nucplot была получена схема ДНК-белковых контактов. Для выполнения задания были взяты цепи M, R и Y, поскольку для всей цепи программа не строит схему. Файл с выдачей доступен по ссылке.
Упражнение 4
LYS79 - аминокислотный остатокс наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК(4 контакта с фосфатными группами). Однако наибольшее значение имеют LYS25 и ASN81, поскольку имеют соединение не с фосфатными остатками, а с азотистыми основаниями. На рисунках ниже приведены данные аминокислоты и их соединения с цепью ДНК.
