Первым делом мы собрали полные протеомы бактерий и запустили локальный бласт.

Используемые команды:

• cp /P/y20/term4/Proteomes/XXX.fasta XXX.fasta
• makeblastdb -in XXX.fasta -dbtype prot
• blastp -query CLPX_ECOL.fasta -db XXX.fasta -out ./resres/XXX -evalue 0.001

Где XXX - один из организмов.

Полученный результат представлен в файле.

После чего найденные последовательности были выравнены с Jalvew. Файл с выравниванием затем был загружен в MEGA, где было реконструировано дерево по алгоритму Neighbor Joining. Newick-файл

Крупные группы ортологов (ClpX, FtsH) были объеденены в группы скобками и выделены цветом.

Некоторые паралоги: CPLX MYCLE и CLPC MYCLE, CPLX MYCTU и FTSH MYCTU.

Некоторые ортологи: CPLX MYCLE и CPLX MYCTU, FTSH MYCLE и FTSH MYCTU, CPLX STRAW и CPLX LEIXX.

Здесь ортологи объеденены в одну кладу. Вполне вероятно, что белки разошлись эволюционно достаточно давно, о чем говорит их четкое разделение на группы.

Ортологичная группа FtSH - АТФ-зависимая цинковая металлопротеаза была найдена у всех рассматриваемых бактерий.

Ортологичная группа ClpX - АТФ-зависимая протеаза Clp АТФ-связывающая субъединица была найдена у всех рассматриваемых бактерий.