В данной работе меня заитересовал короновирус индейки. Впервые вспышка этого патогенного вируса случилась в Канаде. Это привело к высококонтагиозному гастроэнтериту у молодых птиц, что ведет к значительным потерям для птицефабрик. В файле находится геном этого вируса.
Для выполнения данного задания, при помощи программы SnapGene, нами был подготовлен файл, который затем мы загрузили на сервис со следующими параметрами:
В результате мы получили консенсусную последовательность CKUUUG с хорошим p-value.
Проверка PWМ проводилась с помощью FIMO и выявила мотив CKUUUG 46 раз при p-value 0.001 (Ссылка на выдачу). Это подтвержает тот факт, что данный мотив действительно является сигналом.