В базе данных REBASE была выбрана бактерия Acetobacter aceti JCM20276, содержащая РМ второго типа. Acetobacter aceti - грамотрицательная бактерия, которая передвигается с помощью перитрихиальных жгутиков. Луи Пастер в 1864 году доказал, что он является причиной превращения этанола в уксусную кислоту.
По ссылке доступен геном. Для оценки представленности сайтов рестрикциия была использована команда:
cbcalc -s TypeII_REs.tsv -o out.tsv sequence.fasta
Полученный файл был отсортирован командой:
awk '{if ($5+0 <= 0.8) print}' out.tsv | sort | uniq > out_sorted.tsv
Получилось 65 сайтов
Для поиска рестриктаз, узнающих недопредставленные в геноме Acetobacter aceti JCM20276 сайты:
cut -f 5 TypeII_REs.tsv |paste - TypeII_REs.tsv |grep -E 'no'| cut -f 2-> no.txt
После этого с помощью скрипта Ренаты Бетеньковой я отфильтровала список рестриктаз на узнавание непредставленных сайтов.
PSI-BLAST
Был выбран АС C4Z088 - предполагаемый белок-локализатор перегородки MinC.
| Номер | Количество находок выше порога (0.005) | АС худшей находки выше порога | Е-value | АС лучшей находки ниже порога | Е-value |
| 1 | 162 | Q2P036.1 | 0.004 | Q5F5V4.1 | 0.005 |
| 2 | 188 | O25693.2 | 1e-9 | A7H8E6.1 | 0.049 |
| 3 | 188 | Q9ZM51.1 | 1e-11 | A7H8E6.1 | 0.011 |