bash

Bash - одна из версий командного интерпретатора операционных систем UNIX, основная задача которого - обработка и исполнение команд, заданных пользователем. Bash работает в интерактивном текстовом режиме, а также может читать команды (скрипты) из файла.

У каждой команды существует три системных потока:

Пример:

$ cat cthulhu.txt hotspot.txt
fhtagn!
cat: hotspot.txt: No such file or directory

В данном случае содержимое файла cthulhu.txt является потоком ввода для команды cat, которая выводит полученные данные ("fhtagn!") на термнал. В последней строке - поток ошибок, сообщение, что файл hotspot.txt не найден в текущей директории.

По умолчанию потоки вводятся с терминала и выводятся на терминал, но с помощью специальных операторов можно перенаправлять потоки в файл или в поток ввода другой команды. В таблице ниже преведены основные из этих операторов.

Оператор Пример Описание действия
> file ls -1 > students.txt Поток вывода команды ls (список поддиректорий и файлов текущей директории) направляется в файл students.txt и записывается поверх его содержимого. Если такого файла не существует, он создаётся.
>> file wc -w students.txt >> students.txt Поток вывода команды wc (количество слов в файле students.txt) направляется в файл students.txt и дописывается в конец файла. Если такого файла не существует, он создаётся.
2> file rm student.txt 2> errors.txt Поток ошибок команды rm (например, сообщение о том, что файл student.txt не существует) направляется в файл errors.txt и записывается поверх его содержимого. Если такого файла не существует, он создаётся.
2>> file man abc 2>> errors.txt Поток ошибок команды man (сообщение, что мануал для "команды" abc не найден) направляется в файл errors.txt и дописывается в конец файла. Если такого файла не существует, он создаётся.
&> file cat 1.txt 2.txt 3.txt &> union.txt И stdout, и stderr направляются в файл union.txt.
command1 | command2 find . | grep pr* Поток вывода команды find (список поддиректорий и вложенных в них файлов) направляется в поток ввода команды grep.

В следующей таблице приведены некоторые спецсимволы, используемые в bash.

Символ Значение символа
' Все символы воспринимаются буквально
\ Следующий символ воспринимается буквально
./ Текущая директория
../ Родительская директория
/ Корневая директория
~/ Домашняя директория
* Любые символы
? Один любой символ
[ ] Любой из символов, находящихся внутри скобок

EMBOSS

EMBOSS (The European Molecular Biology Open Software Suite) - свободно распрострааняемый пакет программ для молекулярных биологов.
В него входит программа infoseq. Она выдаёт основную информацию о последовательностях биополимеров. В таблице ниже представлены основные опции программы.

Флаг Что делает опция
-outfile Перенаправление stdout в файл
-help Вывод подсказки по программе
-html Представление информации в виде html кода таблицы
-only Выведение только указанных далее типов данных о последовательности
-[no]columns Вывод данных в виде колонок или нет
-usa Вывод краткого названия последовательности (Uniform Sequence Address)
-database Вывод базы данных, откуда взята информация
-name Вывод названия последовательности
-accession (-AC) Вывод кода доступа
-type Вывод типа последовательности (белковая или нуклеотидная)
-length Вывод длины последовательности
-organism Вывод названия организма, в котором синтезируются такие соединения
-pgs Вывод процентного соотношения GC пар
-description Вывод описания последовательности

Примеры

Ниже приведены запросы с использованием различных опций и ответы bash.