Классификация ферментов (EC)
Сбор информации о ферменте
Рассмотрим фермент Q9UJ70, N-ацетил-D-глюкозамин киназу (N-acetyl-D-glucosamine kinase). ЕС фермента - 2.7.1.59.
- Расшифровка ЕС-кода
- EC 2 Transferase Nomenclature - трансферазная номенклатура,
- EC 2.7 Transferring phosphorus-containing groups - переносящие фосфор-содержащие группы,
- EC 2.7.1 Phosphotransferases with an Alcohol Group as Acceptor - фосфотрансферазы, использующие спиртовую группу в качестве акцептора,
- EC 2.7.1.59 N-acetylglucosamine kinase - N-ацетил-D-глюкозамин киназа.
Фермент катализирует следующую реакцию: ATФ + N-ацетил-D-глюкозамин = AДФ + N-ацетил-D-глюкозамин 6-фосфат. Схема реакции приведена на рисунке 1.
|
| Рис. 1. Реакция, катализируемая N-ацетил-D-глюкозамин киназой. |
Ферменты с близкими функциями
С помощью SRS узнаем, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с вашим ферментом три уровня классификации и сколько — все четыре. Результаты приведены в таблице 1.
Таблица 1.
| Уровень классификации | Число белков |
| EC 2 | 1460 |
| EC 2.7 | 916 |
| EC 2.7.1 | 119 |
| EC 2.7.1.59 | 1 |
Сохранение функции фермента у белков со сходными последовательностями
С помощью Uniprot получим список всех белков мыши (Mus musculus), у которых класс совпадает с выбранным ферментом. Получили два файла - таблица с ЕС-кодами полученных белков и их последовательности в формате fasta. В таблице 1 приведены данные о количестве белков на каждый уровень ЕС-кода.
Таблица 2.
| Уровень классификации | Число белков |
| EC 2 | 1733 |
| EC 2.7 | 902 |
| EC 2.7.1 | 136 |
| EC 2.7.1.59 | 1 |
Затем среди полученных последовательностей найдём гомологи человеческого белка с помощью программы blastp. Даже при e-value 1, достаточно большом, в выдаче (blastp.out) всего один белок - NAGK_MOUSE. E-value для него равно 0, идентичность 91.84%, ЕС ферментов совпадают, их можно считать гомологами с одинаковой функцией.