На картинке изображена область взаимодействия аденина ADE с белком MTNN_ECOLI, расстояние между которыми равно 3.8 Å. Расстояние определялось при помощи программы RasMol. |
1) Список аминокислотных остатков молекулы цепи А, контактирующих с лигандом Аденином: Ile152 (приведено наименование аминокислоты и её номер в цепи). 2) Предложение замены аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности связывания цепи А с лигандом: замена ILE152 на пролин. 3) Предложение замены аминокислотного остатка белка, контактирующего с лигандом, но тем не менее, предположительно, мало влияющей на способность связывания с ним: замена ILE152 на глицин. 4) Обоснование предлагаемых замен: а) замены, предложеной в Б): поскольку пролин яляется иминокислотой, его пространственное расположение в остове белка может расположить его так, что его остовный атом кислорода не будет взаимодействовать с аденином. б) замены, предложенной в В): поскольку водородной связью соединён кислород изолейцина находящийся в остове, то замена его на аминокислоты, не содержащие длинных радикалов, не сможет повлиять на связываемость (кислород в остове во всех аминокислотных остатков располагается на одном и том же месте) с лигандом.