На данной странице приведена модель холестерол эстеразы Burkholderia stabilis (7COF). Для начала просмотра скрипта нажмите на кнопку "Start Script", для переключения на другие изображения - "Resume".
Для скачивания скрипта для Jmol нажмите на ссылку
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| Имена атомов | Длина связи N—O, Å | Угол N—H—O, ° | |
|---|---|---|---|
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(90GLY)-O(87SER) | 2,97 | 157,7 |
| 2 | N(313ASN)-O(309ARG) | 3,12 | 158,4 |
| 3 | N(96VAL)-O(92THR) | 3,18 | 160,2 |
| 4 | N(36ASP)-O(32GLY) | 3,23 | 155,0 |
| 5 | N(163SER)-O(159ASP) | 3,02 | 159,4 |
| Бета-слои | |||
| 1 | N(225GLY)-O(218LEY) | 2,81 | 172,2 |
| 2 | N(217THR)-O(225GLY) | 2,89 | 155,7 |
| 3 | N(227THR)-O(215GLN) | 2,89 | 147,1 |
| 4 | N(84VAL)-O(12VAL) | 2,93 | 167,6 |
| 5 | N(278LEY)-O(208SER) | 2,84 | 166,8 |
Таблица 2. Сравнение параметров водородных связей во вторичной структуре белка
| Параметр | Альфа-спираль | Бета-слой | Среднее по белку | Liu et. al (2008) | Hubbard et. al (2010) |
|---|---|---|---|---|---|
| Средняя длина связи (Å) | 3,10 | 2,87 | 2,99 | 2,7-3,1 | < 3,5 |
| Средний угол N-H-O (°) | 158,14 | 161,88 | 160,01 | < 180 | > 90 |
Измеренные параметры водородных связей соответствуют теоретическим величинам, установленным в иных научных исследованиях. Так в работе Liu et. al (2008) на основе вычислительного анализа утверждается, что наиболее устойчивы связи длиной 2,7, 2,9 или 3,1 Å и углом N-H-O в окрестности 180°. Hubbard, R. E. & Kamran Haider, M. (2010) в своей работе ссылаются на величины других исследователей и заключают, что для формирования водородной связи в белках необходимо расстояние меньше 3,5 Å и угол больше 90°. Подводя итоги, измереные величины сходятся с теоретическими, а незначительные отклонения можно объяснить стохастическими вариациями в структуре белков.