Скачать можно по ссылке.
| ID | AC | Seed | Full |
|---|---|---|---|
| LIN9 C-terminal | PF19438 | 27 | 680 |
Ниже перечислены выбранные в выравнивании блоки и даны некоторые комментарии касательно их.
| Block | Pattern | Position |
|---|---|---|
| Vertical plus-block | [PSL]D[FYITL][ED]V[LWIC] | 1...6 |
| Vertical plus-block* | [GAN].[FYIL][PS]...L.....[VILF].[RK][VIL]L..K[KR] | 165...186 |
| Partial plus-block | [LI][VI]..L[TILV].[LIM][LMV][LMI][QH][VILM][KRN] | 307...319 |
| Minus-block (скорее всего Partial) | Составить нельзя | 291...295 |
| Vertical minus-block | Составить нельзя | 380...385 |
В ходе составления паттернов я решил указывать позицию в квадратных скобках, если находящиеся в ней аминокислоты принадлежат к одной функциональной группе (гидрофобные, положительно заряженные, чаще всего). Более того, возникли сомнения, могут ли в минус-блоке присутствовать гэпы, поэтому первый указанный минус-блок хоть и отмечен как вертикальный, скорее всего является частичным.
*: отмеченный плюс-блок, вероятно может быть продлен в сторону C-конца, либо рядом с ним на небольшом расстоянии расположен уже следующий плюс-блок. Я решил разделить их на два и описать ближайший к N-концу (вообще, кластер консервативности наблюдается в 163...244 позициях.