Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step. Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and inter-strand overlap is designated according to the following diagram: i2 3' 5' j2 /|\ | | | Strand I | | II | | | | | \|/ i1 5' 3' j1 step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GG/UC 1.17( 0.11) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.17( 0.02) 2.34( 0.13) 2 GC/GU 6.97( 4.16) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.44( 3.84) 13.40( 8.00) 3 CC/GG 0.39( 0.04) 0.00( 0.00) 0.20( 0.00) 3.04( 1.59) 3.63( 1.63) 4 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.25( 0.00) 3.63( 2.25) 3.87( 2.25) 5 CC/GG 0.43( 0.03) 0.00( 0.00) 0.23( 0.00) 3.30( 1.91) 3.96( 1.94) 6 CA/UG 0.06( 0.00) 0.00( 0.00) 2.31( 0.75) 0.48( 0.12) 2.85( 0.87) 7 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.93( 0.61) 1.93( 0.61) 8 GG/CC 2.66( 1.13) 0.00( 0.00) 0.51( 0.00) 0.51( 0.15) 3.67( 1.28) 9 GG/CC 3.82( 2.36) 0.00( 0.00) 0.05( 0.00) 0.12( 0.00) 3.99( 2.36) 10 GG/CC 3.27( 1.76) 0.00( 0.00) 0.63( 0.00) 0.00( 0.00) 3.89( 1.76) 11 GG/CC 4.32( 2.13) 0.00( 0.00) 0.57( 0.00) 0.00( 0.00) 4.89( 2.13) 12 GU/AC 6.24( 3.34) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.56( 0.14) 7.79( 3.48) 13 UU/GA 4.75( 2.34) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.24( 1.83) 8.99( 4.17) 14 UA/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 15 AG/CC 4.45( 2.50) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.31( 2.32) 9.76( 4.81) 16 GG/CC 2.50( 1.04) 0.00( 0.00) 0.48( 0.00) 0.40( 0.00) 3.38( 1.04) 17 GC/GC 6.06( 3.06) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.09( 4.17) 13.15( 7.23) 18 CC/GG 0.61( 0.10) 0.00( 0.00) 0.46( 0.00) 2.44( 0.95) 3.51( 1.05) 19 CG/CG 0.04( 0.00) 0.00( 0.00) 4.06( 1.51) 0.00( 0.00) 4.10( 1.51) 20 GA/GC 1.57( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.52( 2.63) 7.09( 2.63) 21 AG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.84( 0.00) 1.68( 1.01) 2.52( 1.01) 22 GU/AC 4.38( 1.95) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.45( 1.53) 6.83( 3.48) 23 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.96( 2.47) 3.96( 2.47) 24 CU/GG 1.40( 0.08) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.88( 1.34) 4.29( 1.42) 25 UU/AG 2.40( 0.12) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.40( 0.12) 26 UA/AA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.92( 1.17) 1.92( 1.17) 27 AG/CA 5.33( 2.72) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.07( 2.71) 11.40( 5.43) 28 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 29 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 30 GG/UC 1.33( 0.19) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.03( 0.00) 2.35( 0.19) 31 GC/GU 6.97( 4.24) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.30( 3.71) 13.27( 7.95) 32 CC/GG 0.52( 0.06) 0.00( 0.00) 0.24( 0.00) 3.05( 1.61) 3.81( 1.67) 33 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.27( 0.00) 3.59( 2.20) 3.86( 2.20) 34 CC/GG 0.55( 0.09) 0.00( 0.00) 0.20( 0.00) 3.25( 1.84) 4.00( 1.93) 35 CA/UG 0.11( 0.00) 0.00( 0.00) 2.28( 0.81) 0.50( 0.12) 2.89( 0.93) 36 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.60( 0.00) 0.04( 0.00) 0.64( 0.00) 37 GG/CC 2.67( 1.14) 0.00( 0.00) 0.49( 0.00) 0.56( 0.17) 3.72( 1.31) 38 GG/CC 3.85( 2.39) 0.00( 0.00) 0.05( 0.00) 0.03( 0.00) 3.93( 2.39) 39 GG/CC 3.22( 1.69) 0.00( 0.00) 0.64( 0.00) 0.00( 0.00) 3.86( 1.69) 40 GG/CC 4.19( 2.00) 0.00( 0.00) 0.66( 0.00) 0.00( 0.00) 4.85( 2.00) 41 GU/AC 6.43( 3.57) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.65( 0.14) 8.08( 3.72) 42 UU/GA 4.92( 2.47) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.24( 1.30) 8.16( 3.77) 43 UA/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 44 AG/CC 4.49( 2.46) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.49( 2.27) 9.98( 4.74) 45 GG/CC 2.63( 1.16) 0.00( 0.00) 0.56( 0.00) 0.22( 0.00) 3.41( 1.16) 46 GC/GC 6.13( 3.10) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.11( 4.22) 13.24( 7.32) 47 CC/GG 0.57( 0.07) 0.00( 0.00) 0.47( 0.00) 2.41( 0.94) 3.45( 1.01) 48 CG/CG 0.03( 0.00) 0.00( 0.00) 4.19( 1.60) 0.00( 0.00) 4.22( 1.60) 49 GA/GC 1.69( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.48( 2.58) 7.17( 2.58) 50 AG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.96( 0.00) 1.09( 0.59) 2.05( 0.59) 51 GU/AC 4.42( 1.99) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.54( 1.62) 6.97( 3.61) 52 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.85( 2.35) 3.85( 2.35) 53 CU/GG 1.19( 0.03) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.84( 1.29) 4.03( 1.32) 54 UU/AG 2.45( 0.14) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.45( 0.14) 55 UA/AA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.59( 0.86) 1.59( 0.86) 56 AG/CA 5.31( 2.48) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.67( 2.26) 10.98( 4.74) 57 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00)