Основы филогенетики
Выбранные бактерии
| Организм | Мнемоника |
|---|---|
| Streptomyces avermitilis | STRAW |
| Thermobifida fusca | THEFY |
| Nocardioides sp. | NOCSJ |
| Clavibacter michiganensis | CLAMS |
| Bifidobacterium longum | BIFLO |
| Mycobacterium tuberculosis | MYCTU |
| Corynebacterium diphtheriae | CORDI |
Скобочная формула дерева
((MYCTU,CORDI),((CLAMS,BIFLO),(NOCSJ,(THEFY,STRAW))));
Филогенетическое дерево выбранных бактерий
Нетривиальные ветви
Дерево содержит 4 нетривиальные ветви (удовлетворяет n-3, где n - число листьев):
- {STRAW, THEFY} vs {NOCSJ, CLAMS, BIFLO, MYCTU, CORDI}
- {STRAW, THEFY, NOCSJ} vs {CLAMS, BIFLO, MYCTU, CORDI}
- {CLAMS, BIFLO} vs {MYCTU, CORDI, STRAW, THEFY, NOCSJ}
- {MYCTU, CORDI} vs {STRAW, THEFY, NOCSJ, CLAMS, BIFLO}
Учет таксономии
| Streptomyces avermitilis | Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces |
|---|---|
| Thermobifida fusca | Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida |
| Nocardioides sp. | Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Propionibacteriales; Nocardioidaceae; Nocardioides; unclassified Nocardioides |
| Clavibacter michiganensis | Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter |
| Bifidobacterium longum | Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium |
| Mycobacterium tuberculosis | Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium; Mycobacterium tuberculosis complex |
| Corynebacterium diphtheriae | Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium |
Все выбранные организме принадлежат к кладе Terrabacteria, "классу" Actinomycetia. К сожалению, для построения были выбраны относительно отдаленные представители, поэтому единственная нетривиальная ветвь, выделяющая таксон - это ветвь {MYCTU, CORDI}, соответствующая "семейству" Corynebacteriales.