PL-белок вируса SARS COV-2 в комплексе с АДФ-рибозой. Экспрессирован в E. coli Данные получены рентгено-структурным анализом.
Скрипт лежит тут.
| Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (град.) |
|---|---|---|
| Альфа-спирали | ||
| [PRO]136:A.O-[LEU]140:A.N | 2.97 | 160.07 |
| [ASP]135:A.O-[HIS]138:A.N | 2.96 | 121.86 |
| [ILE]137:A.O-[ARG]141:A.N | 2.92 | 161.18 |
| Бета-тяжи | ||
| [ALA]154:B.N-[ALA]124:B.O | 2.97 | 155.38 |
| [TYR]152:B.O-[ALA]124:B.N | 2.88 | 154.73 |
| [TYR]152:B.N-[LEU]122:B.O | 2.88 | 166.94 |
| [ASN]150:B.O-[LEU]122:B.N | 2.93 | 146.58 |
Измеренные длины водородных связей колеблются в пределах 2.88-2.97Å . Длина водородной связи в альфа-спиралях — 2.99±0.1, а в бета-листах 2.91±0.14 . Все полученные значения входят в этот диапазон. В среднем в бета-тяжах связи короче, чем в альфа-спиралях. Угол N-H-O в бета-листах лежит в пределах 154.73-166.94, в альфа-спиралях — 121.86-161.18 Для альфа спирали характерен угол 144-166, а антипараллельных бета-листов — 150-170. (Baker E. N., Hubbard R. E., 1984) Выпадающее значение для связи ASP-HIS можно объяснить ее образованием «наискосок» относительно прочих водородных связей. Почти все значения входят в диапазоны из литературы.