Практикум 10

В качестве анализируемого вида выбрала Neisseria gonorrhoeae

Accession

>
strain TUM19854: NZ_AP023069
strain 35/02: NZ_CP012028
strain NJ1711654: NZ_CP041585
strain CT213: NZ_CP048929

S-блоки

Число блоков: 295

Процент числа нуклеотидов в ядре от числа нуклеотидов во входных последовательностях: 87.84%

Процент числа колонок в объединенном выравнивании s-блоков от суммарного числа колонок во всех блоках: 89.19%

Процент консервативных колонок в объединённом выравнивании s-блоков составляет 99.2091%

Крупные делеции

штамм блок длина блока делетированные гены
CT213, NJ1711654 h2x6330 6330 WX61_01019 hypothetical protein (35/02) > ,
WX61_01020 hypothetical protein > ,
TUM19854C_19170 colicin V biosynthesis protein (TUM19854)
WX61_01021 Colicin V secretion protein CvaA (35/02) > ,
WX61_01022 Toxin RTX-I translocation ATP-binding protein (35/02)> ,
WX61_01023 hypothetical protein (35/02) <
TUM19854, 32/05 h2x2743 2743 FNL98_08575 hypothetical protein (NJ1711654),
FNL98_08580 DNA helicase (NJ1711654),
FNL98_08585 hypothetical protein (NJ1711654)

Чаще всего делетировались гипотетические белки, но в некоторых случаях в удалённом участке находились гены важных белков, например геликазы. Скорее всего, у штаммов с соответствующей делецией они находятся в других блоках.

Перестановка синтений (g-блоков)

У штаммов TUM и 35/02 блок q4x36079 перескочил на 34 позиции вперед. blocks g blocks g

Ошибки аннотации

Гипотетический белок - фаговый белок

1 2