Практикум 4. Структура РНК, комплексов ДНК-белок

Задание 1

Параметры einverted: Gap penalty:12; Minimum score threshold: 15; Match score:3; Mismatch score:-4. Параметры алгоритма Зукера: --MEA --noClosingGU. Относительно корректный вариант получился с 6 попытки, дальнейшие модификации к успеху не привели. Структура по алгоритму Зукера: я обязательно выживу
Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания
с помощью einverted 		Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель (901-907 971-966) 0/7 7/7
D-стебель (910-913 925-922) 0/4 0/4
T-стебель (949-953 965-961) 5/5 5/5
Антикодоновый стебель (938-944 932-926) 0/7 5/7
Общее число канонических пар нуклеотидов 22 5 17

Задание 2

script 1 script 2 script for table data
Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 2 10 12
остатками фосфорной кислоты 6 4 10
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 6 14 20
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 0 0

Задание 3

contacts

Задание 4

В структуре два остатка, контактирующих дважды: Lys74(A) и Asn65(A).

Для распознавания, по-видимому, важнее всего Asn65(A)поскольку он контактирует с максимальным количеством азотистых оснований.

contact

Аспаргин образует 2 водородные связи: с N4 С(1018) через кислород остова и О6 G(1008) через азот радикала.