Практикум 6. Секвенирование по Сэнгеру
Исходники: 14_F.ab1 14_R.ab1Задание 1
Анализ хроматограмм проводила в Pearl. Он распознал обратную последовательность как прямую, но на точность определения последовательности это повлиять не должно.Выравнивание из Ugene
Далее я выгрузила итоговый файл с выравниванием в fasta-формате. Исправления выделила строчными буквами Файл с итоговой последовательностью
Одинаково выражены пики А и G. Ставлю Y.
Выраженный пик G на обратном и смазанный С на прямом. Выбираю G.
Выраженный пик C на одной из хроматограмм, на другой А на уровне шума. Оставила С.
Допрочла 12 нуклеотидов вручную.
В целом по по хроматограммам шума мало и он распределен равномерно, в обратном прочтении шума меньше, чем в прямом. Уровень шума возрастает ближе к концам хроматограммы.
В Pearl нет функции просмотра длины "откинутых" концов, поэтому для этого ипользовала UGENE. C 5' конца реверса откинулось 36 нуклеотидов. C 3' форфарда откинулось 164 нуклеотида.
Задание 2
Пример плохо читающегося участка хроматограммы WSV23_COI_F_A01_WSBS-Seq-1-08-15 из директории bad. Чтению мешают равные по величине и перекрывающиеся пики
