Практикум 8

1. Определение функции и таксономии нуклеотидной последовательности

Для определения функции последовательности и таксономического положения организма взяла итоговый файл из 6-го практикума.

Использовала blastn, поскольку дополнительных сведений о консервативности нет.

Искала по базе данных not-redutant, Expect threshold: 0.05, Word size: 28

Последовательность пренадлежит субъединице 1 цитохром c оксидазы Ancula gibbosa, поскольку первые 5 находок соответствуют ей.

выдача

Покрытие лучшей - 97%, а идентичность - 98,88% 

Query  12   AACCCTGTATGTCATTTTTGGTATATGGTGTGGACTCTTGGGTACTGGTTTAAGACTTTT  71
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1    AACCCTGTATGTCATTTTTGGTATATGGTGTGGACTCTTGGGTACTGGTTTAAGACTTTT  60

Query  72   AATTCGTTTTGAGCTAGGGACCGCGGGAGCTTTTTTAGGTGAMGATCATTTTTATAATWA  131
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  
Sbjct  61   AATTCGTTTTGAGCTAGGGACCGCGGGAGCTTTTTTAGGTGATGATCATTTTTATAATGT  120

Query  132  AATTGTTACCGCTCACGCTTTCGTGATAAttttttttATAGTTATACCGTTAATAATTGG  191
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  121  AATTGTTACCGCTCACGCTTTCGTGATAATTTTTTTTATAGTTATACCGTTAATAATTGG  180

Query  192  TGGTTTTGGTAACTGAATAGTTCCTTTATTGATTGGGGCCCCAGATATAAGGTTTCCTCG  251
            ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  181  TGGTTTTGGTAACTGAATAGTTCCTCTATTGATTGGGGCCCCAGATATAAGGTTTCCTCG  240

Query  252  TATAAATAATATGAGTTTTTGATTATTACCACCTTCATTTATTTTATTATTATGTTCTAG  311
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  241  TATAAATAATATGAGTTTTTGATTATTACCACCTTCATTTATTTTATTATTATGTTCTAG  300

Query  312  GTTAATAAAAGGAGGTGCTGGTACAGGTTGAACTGTATATCCTCCTCTATCAGGTCCTGT  371
            ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  301  GTTAATAGAAGGAGGTGCTGGTACAGGTTGAACTGTATATCCTCCTCTATCAGGTCCTGT  360

Query  372  AGCTCACGGGGGAAGTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTTCCCTTCATTTAGCTGGTATATC  431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  361  AGCTCACGGGGGAAGTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTTCCCTTCATTTAGCTGGTATATC  420

Query  432  TTCTCTATTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGGTCTAGAGCTAT  491
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  TTCTCTATTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGGTCTAGAGCTAT  480

Query  492  AACAATAGAACGATTGAGTTTGTTCGTATGATCCATTTTAGTGACAGTATTCTTACT  548
            |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  481  AACAATAGAACGATTGAGTTTGTTCGTATGGTCCATTTTAGTGACAGTATTCTTACT  537

2. Поиск генов белков в неаннотированной нуклеотидной последовательности

Для поиска использовала алгоритм blastx, поскольку требуется найти белок-кодирующий ген. Запускала поиск по базе RefSeq с настройками по умолчанию.

Анализировала контиг из сборки генома Selaginella moellendorffii

Результат работы BLAST

Большая часть белков в выдаче - транспозазы. Картируются на контиг они так:

blast

3. Интепретация карты локального сходства гомологичных хромосом двух бактерий

Использовала blastn, поскольку цель - описать геномные перестройки, которые произошли за время независимого развития бактерий.

Для анализа выбрала геномы Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus и Lactobacillus acidophilus. Они достаточно сильно дивергировали, но на графике все равно удается найти участки гомологии, индели и транслокацию.

dot plot