Сигналы и мотивы - 2

Задание b1

В качестве объекта использовала бактерию Nonlabens dokdonensis DSW-6.

Для поиска последовательности Шайно-Дальгарно были выбраны гены с прямой цепи, для которых в графе product значение отлично от hypothetical protein. Составила таблицу генов по данным GeneBank, из нее в анализ взяла первые 100 белков. Из генома по координатам вырезала upstream-участки длиной 40 нуклеотидов + 3 первых нуклеотида для контроля (в случае нормального выделения последовательности должен содержать ATG). Файл был подан на вход программе MEME. Параметры: поиск по загруженной цепи, длина мотива от 3 до 10 нуклеотидов, остальное по умолчанию. Консенсус представлен ниже

Матрица PWM

Далее с помощью скрипта по выделенным последовательностям построила матрицу PWM (см. таблицу). Параметры: ε = 1, GC-content = 35,3%. Формула для ячейки PWM: ln(([N(b,j]+0.25]/(N+1))/p(b)).

	1	2	3	4	5	6	7	8	9
A	-2.17	-3.78	1.08	-0.74	-0.29	-3.78	-3.78	-2.17	0.11
T	0.56	1.11	-2.17	0.56	0.19	1.08	1.11	1.01	-3.78
G	0.54	-3.18	-3.18	-3.18	-3.18	-3.18	-3.18	-3.18	1.26
C	-0.61	-3.18	-3.18	0.43	0.71	-1.57	-3.18	-0.98	-3.18

Задание b2

Использовала ссылку на поиск при помощи FIMO из выдачи MEME. Пороговый p-value задала равным 0.001. В качестве базы данных использовала первые 200 последовательностей из таблицы (см. задание 1). Было найдено 87 последовательностей с мотивом KTATHTTTR.

Краткое обсуждение

Найденный мотив хоть и присутствует в upstream-области большой доли белок-кодирующих генов, взятых в анализ, не является последовательностью Шайна—Дальгарно (AGGAGGU [1] ).