Комплексы ДНК-белок

При запуске в программе Jmol скрипт sets_selection последовательно выделяет шариками множества атомов: атомы кислорода 2'-дезоксирибозы, атомы кислорода фосфатов, атомы азота нуклеотидов.

Рисунок 1. Комплекс ДНК-белок. Структура 1BY4, цепи E, F (В-ДНК) и цепи A, B (белок-рецептор ретиноевой кислоты RXR-alpha).

Контакты белка-рецептора ретиноевой кислоты RXR-alpha с В-ДНК:

	Полярные	Неполярные	Всего
С атомами фосфорной кислоты	24	18	42
С атомами дезоксирибозы	5	17	22
С атомами азотистых оснований, обращенными к большой бороздке	4	11	15
С атомами азотистых оснований, обращенными к малой бороздке	0	0	0

* Полярным контактом считалась ситуация, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Неполярным контактом считалась ситуация, в которой расстояние между неполярным атомом белка и неполярным атомом ДНК меньше 4.5Å. Полярными считались атомы кислорода и азота. Неполярными считались атомы углерода, фосфора и серы.

Можно заметить, что больше всего ДНК контактирует с белком атомами фосфорной кислоты, причём полярных контактов образуется немного больше, чем неполярных контактов. В два раза меньше ДНК контактирует с белком атомами дезоксирибозы, причём полярных контактов образуется примерно в три раза меньше, чем неполярных контактов. Число контактов с белком, образуемых атомами азотистых оснований ДНК, обращёнными к большой бороздке, невелико, причём полярных контактов образуется так же примерно в три раза меньше, чем неполярных контактов. Атомы азотистых оснований ДНК, обращённые к малой бороздке, вовсе не контактируют с белком.

Скачать файл 1BY4.pdb
Скачать файл 1BY4-complex.pdb
Скачать файл 1BY4-complex_old.pdb (получен в программе remediator командой remediator --old 1BY4-complex.pdb > 1BY4-complex_old.pdb)
Скачать файл nucplot.ps (получен в программе nucplot командой nucplot 1BY4-complex_old.pdb)

Рисунок 2. Схема контактов белка-рецептора ретиноевой кислоты RXR-alpha с В-ДНК.

Рисунок 3. His1146 - аминокислотный остаток белка-рецептора ретиноевой кислоты RXR-alpha, образующий наибольшее число контактов с В-ДНК (образует шесть водородных связей с сахарофосфатным остовом В-ДНК).

Рисунок 4. Arg1161, Glu1253, Lys1256 и Arg1261 - аминокислотные остатки белка-рецептора ретиноевой кислоты RXR-alpha, наиболее важные для распознавания нуклеотидной последовательности В-ДНК (образуют водородные связи с заряженными атомами азотистых оснований В-ДНК). Эти аминокислотные остатки принадлежат α-спиралям, ложащимся в большую бороздку В-ДНК.

Предсказание вторичной структуры тРНК

Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов

Просмотреть файл 2DXI-trna.fasta.txt
Просмотреть файл sequence.inv (получен в программе einverted командой einverted 2DXI-trna.fasta.txt при запуске с параметрами:
Gap penalty: 5, Minimum score threshold: 10, Match score: 3, Mismatch score: -5)

Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера

Просмотреть файл 2DXI-trna.ig.out (получен в программе mfold командой mfold SEQ=2DXI-trna.fasta.txt P=0)

	Реальная структура тРНК	Структура тРНК, предсказанная с помощью программы einverted	Структура тРНК, предсказанная с по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-501-572-3' 5'-502-571-3' 5'-503-570-3' 5'-504-569-3' 5'-505-568-3' 5'-506-567-3' 5'-507-566-3' (всего 7 пар)	Предсказано 0 пар	Предсказано 7 пар
D-стебель	5'-510-525-3' 5'-511-524-3' 5'-512-523-3' 5'-513-522-3' (всего 4 пары)	Предсказано 2 пар	Предсказано 4 пар
Антикодоновый стебель	5'-526-544-3' 5'-527-543-3' 5'-528-542-3' 5'-529-541-3' 5'-530-540-3' 5'-531-539-3' 5'-532-538-3' (всего 7 пар)	Предсказано 5 пар	Предсказано 5 пар
T-стебель	5'-549-565-3' 5'-550-564-3' 5'-551-563-3' 5'-552-562-3' 5'-553-561-3' (всего 5 пар)	Предсказано 0 пар	Предсказано 5 пар
Число канонических пар нуклеотидов	всего 19 канонических пар нуклеотидов	Предсказано 7 канонических пар нуклеотидов	Предсказано 18 канонических пар нуклеотидов

Главная -> Семестры -> III семестр -> Комплексы ДНК-белок. Предсказание вторичной структуры тРНК.