Структура тРНК

Торсионные углы тРНК

Скачать файл 2DXI-trna_old.pdb (получен в программе remediator командой remediator --old 2DXI-trna.pdb > 2DXI-trna_old.pdb)
Просмотреть файл 2DXI-trna_old.fp (получен в программе find_pair командой find_pair 2DXI-trna_old.pdb 2DXI-trna_old.fp)
Просмотреть файл 2DXI-trna_old.out (получен в программе analyze командой analyze 2DXI-trna_old.fp)

Рисунок 1. Торсионные углы тРНК. Структура 2DXI, цепь С. Торсионные углы данной тРНК похожи на торсионные углы А-ДНК.

Вторичная структура тРНК

Рисунок 2. тРНК. Структура 2DXI, цепь С. Стебли выделены разными цветами:
Акцепторный стебель - красным
D-стебель - синим
Антикодоновый стебель - жёлтым
T-стебель - зелёным
Нуклеотиды, образующие дополнительные водородные связи, выделены серым цветом.

Рисунок 3. тРНК. Структура 2DXI, цепь С. Некнонические пары нуклеотидов выделены структурными формулами.

	Сиквенс	Номера нуклеотидов в структуре 2DXI
тРНК	5' GGCCCCAUCGUCUAGCGGUUAGGACGCGGCCCUCUCA AGGCCGAAACGGGGGUUCGAUUCCCCCUGGGGUCACCA 3'	501-576
Акцепторный стебель	5' GGCCCCA 3' 3' CCGGGGU 5'	501-507 566-572
D-стебель	5' GUCU 3' 3' CAGA 5'	510-513 522-525
Антикодоновый стебель	5' GCGGCCC 3' 3' CGCCGGG 5'	526-532 538-544
T-стебель	5' GGGGG 3' 3' CCCCC 5'	549-553 561-565
Дополнительные водородные связи тРНК	[U]508-[A]514 [G]518-[U]555 [G]519-[C]556 [U]520-[C]548 [U]554-[A]558
Неканонические пары нуклеотидов	[G]502-[U]571 [U]508-[A]514 [U]513-[G]522 [G]518-[U]555 [U]520-[C]548 [G]526-[A]544 [C]532-[A]538 [U]554-[A]558

Третичная структура тРНК

Скачать файл stacking.pdb (получен в программе analyze командой analyze 2DXI-trna_old.fp)
Скачать файл stap2.pdb (получен в программе ex_str командой ex_str -2 stacking.pdb step2.pdb)
Скачать файл stap2.ps (получен в программе stack2img командой stack2img -cdolt step2.pdb step2.ps)
Скачать файл stap3.pdb (получен в программе ex_str командой ex_str -3 stacking.pdb step3.pdb)
Скачать файл stap3.ps (получен в программе stack2img командой stack2img -cdolt step3.pdb step3.ps)

Рисунок 4. Сильное стекинговое взаимодействие [G]502-[U]571 и [C]503-[G]570. Площадь перекрывания 13.74Å².

Рисунок 5. Слабое стекинговое взаимодействие [C]503-[G]570 и [C]504-[G]569. Площадь перекрывания 3.41Å².

Скачать файл 2DXI_cut.pdb
Скачать файл 2DXI_cut.ps (получен в программе pdb2img командой pdb2img -ci 2DXI_cut.pdb 2DXI_cut.ps)

Рисунок 6. тРНК. Структура 2DXI, цепь С. Нуклеотиды представлены блоками и окрашены разными цветами:
Гуанозинмонофосфат - зелёным
Цитидинмонофосфат - жёлтым
Аденозинмонофосфат - красным
Уридинмонофосфат - синим

Главная -> Семестры -> III семестр -> Структура нуклеиновых кислот -> Структура ДНК

Главная -> Семестры -> III семестр -> Структура нуклеиновых кислот -> Структура тРНК