Online BLAST

Поиск организма по нуклеотидной последовательности

С помощью программы Online BLAST для нуклеотидной последовательности из файла fragment.txt была получена информация:
• Нуклеотидная последовательность является фрагментом хромосомы Methanocaldococcus vulcanius M7
• Координаты нуклеотидной последовательности в хромосоме: 1145..1444, "+" цепь
• Аccession этой записи в RefSeq: NC_013407.1
• Нуклеотидная последовательность является фрагментом гена, кодирующего CRISPR-associated protein Cas1
• Аccession этой записи в RefSeq: YP_003246357.1

Поиск гомолога белка человека в слоне

Просмотреть файл proteins_human.txt
(получен в программе infoseq командой infoseq sw:k*_human -only -name -desc -out proteins_human.txt)
Просмотреть файл kpcb_human.fasta (получен в программе seqret командой seqret sw:kpcb_human -auto)

На сайте ENA был проведён поиск гомолога Protein kinase C beta type человека в слоне.
Характеристики лучшей находки:
• e-value: 0
• длина выравнивания: 671
• идентичность выравнивания: 96%
• координаты гена в геноме слона: 5924463..6315481, "+" цепь
• число интронов в гене слона: 15

Просмотреть файл alignment.txt

Поиск ортологов тРНК

Скачать файл cp001678.entret (получен в программе entret командой entret embl:cp001678 -auto)
Просмотреть файл tRNA.fasta (получен в программе seqret командой seqret cp001678.entret tRNA.fasta -sask)

Ортологи tRNA-Arg Hirschia baltica, найденные в отряде Rhodobacterales
Алгоритм BLAST	Параметры	Число хитов с e-value < 0,001
megablast	standart	42
blastn	standart	113
blastn	Word size = 7, Match/Mismatch = 1/-1	170