Standalone BLAST

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Скачать файл gt_genome.fasta
Просмотреть файл uvrb_bacsu.fasta
Просмотреть файл uvrb_bacsu.blast
(получен скриптом RunTblastn.py командой python RunTblastn.py -g gt_genome.fasta -q uvrb_bacsu.fasta)

Гомологи UVRB_BACSU в полном геноме Geobacillus thermodenitrificans
Число находок с e-value < 0.001	4
e-value лучшей находки	0
Название последовательности с лучшей находкой	не указано
Координаты лучшей находки	3132414..3134333, "-" цепь
Идентичность	84%

Поиск в полном геноме Geobacillus thermodenitrificans разных тРНК Bacillus subtilis

Просмотреть файл trna_bacsu.fasta
Просмотреть файл trna_bacsu_1.blast
Просмотреть файл trna_bacsu_2.blast
Просмотреть файл trna_bacsu_3.blast
Скачать файл trna.xls
(файлы trna_bacsu_1.blast, trna_bacsu_2.blast, trna_bacsu_3.blast и trna.xls получены
скриптом RunBlastn.py командой python RunBlastn.py -q trna_bacsu.fasta)

С помощью blastn был проведён поиск гомологов разных тРНК Bacillus subtilis в полном геноме Geobacillus thermodenitrificans. Запуск blastn проводился три раза с разными параметрами:
• standart (всего найдено 620 гомологов)
• -reward 5 -penalty -4 -gapopen 25 -gapextend 10 (всего найдено 800 гомологов)
• -reward 5 -penalty -4 -gapopen 25 -gapextend 10 -word_size 4 (всего найдено 1662 гомолога)

Можно заметить, что при изменении параметров только веса выравнивания, находится немного больше гомологов. При назначении минимальной длины слова (-word_size 4) находится значительно больше гомологов, (находятся более дальние гомологи).

Просмотреть файл trna_arg_bacsu.fasta
Просмотреть файл hit.fasta (получен в программе seqret командой seqret gt_genome.fasta hit.fasta -sask)
Просмотреть файл alignment.needle (получен в программе heedle командой needle trna_arg_bacsu.fasta hit.fasta (default))

В программе needle было получено парное выравнивание нуклеотидной последовательности tRNA-Arg Bacillus subtilis (BSn5_t20948) и гомологичной ей нуклеотидной последовательности (e-value = 2e-12), найденной програмой blastn в полном геноме Geobacillus thermodenitrificans (CP000557) лишь при запуске c параметрами -reward 5 -penalty -4 -gapopen 25 -gapextend 10 -word_size 4:

	BSn5_t20948        1 ggaggattagctcagctgggagagcatctgccttacaagcagagggtcgg     50			
	                     ||.|..|||||||||||||||||||..||||.||.||.||||..||||..       
	CP000557           1 ggggccttagctcagctgggagagcgcctgctttgcacgcaggaggtcat     50
	                                                                              
	BSn5_t20948       51 cggttcgagcccgtcatcctccacca     76                        
	                     ||||||||.||||..|..||||||||                               
	CP000557          51 cggttcgatcccgataggctccacca     76

По характеристикам этого парного выравнивания можно предположить, что программой blastn в полном геноме Geobacillus thermodenitrificans была найдена нуклеотидная последовательность какой-либо тРНК.

Скачать файл cp000557.entret (получен в программе entret командой entret embl:cp000557 -auto)

Командой grep -B 2 -A 2 'tRNA\s*553758' cp000557.entret была получена информация о том, что найденная программой blastn в полном геноме Geobacillus thermodenitrificans нуклеотидная последовательность является геном, кодирующим tRNA-Ala (553758..553833 - координаты гена):

	olesya@kodomo:~/term3/block3/pr13$ grep -B 2 -A 2 'tRNA\s*553758' cp000557.entret
	FT   gene            553758..553833
	FT                   /locus_tag="GTNG_t043"
	FT   tRNA            553758..553833
	FT                   /locus_tag="GTNG_t043"
	FT                   /product="tRNA-Ala"