Реконструкция филогенетического дерева

Изображение дерева с указанием таксонов:

Множественное выравнивание:

Рисунок 1. Множественное выравнивание пептидил-тРНК гидролаз отобранных бактерий.
Множественное выравнивание было построено в программе Muscle.

Цветовая схема окрашивания множественного выравнивания

* При окрашивании множественного выравнивания был задан порог консервативности, равный 25%.

Сравнение изображений деревьев, построенных разными алгоритмами:

Average Distance using % identity	Average Distance using BLOSUM62

Neighbour Joining using % identity	Neighbour Joining using BLOSUM62

Деревья, построенные алгоритмом Average Distance, не несут информации о количестве мутаций, произошедших по пути от общего предка. Деревья, построенные алгоритмом Neighbour Joining, несут информацию о количестве мутаций, произошедших по пути от общего предка.
На деревьях, построенных алгоритмом Average Distance, Staphylococcus epidermidis (STAES) находится в одной кладе с Bacillus subtilis (BACSU) и Listeria monocytogenes (LISMO), что соответствует правильному дереву (таксон Bacillales), в отличие от деревьев, построенных алгоритмом Neighbour Joining, где Staphylococcus epidermidis (STAES) находится против клады, образованной Lactococcus lactis (LACLM), Streptococcus pneumoniae (STRPN), Enterococcus faecalis (ENTFA), Bacillus subtilis (BACSU), Listeria monocytogenes (LISMO).
На всех построенных деревьях Lactobacillus acidophilus (LACAC) находится на большом расстоянии от всех остальных отобранных бактерий, в отличие от правильного дерева, где Lactobacillus acidophilus (LACAC) находится в одной кладе с Lactococcus lactis (LACLM), Streptococcus pneumoniae (STRPN) и Enterococcus faecalis (ENTFA) (таксон Lactobacillales).

Сравнение правильного дерева с деревом, построенным алгоритмом Maximum parsimony:

Правильное дерево	Maximum Parsimony

Дерево, построенное алгоритмом Maximum Parsimony, было укоренено так, чтобы Clostridium tetani (CLOTE) находился против клады, образованной таксоном Bacilli. Таким образом, это дерево отличается от правильного дерева лишь тем, что Staphylococcus epidermidis (STAES) не находится в одной кладе с Bacillus subtilis (BACSU) и Listeria monocytogenes (LISMO).