Укоренение филогенетического дерева и бутстрэп

Сравнение правильного дерева с деревьями, укоренёнными в среднюю точку:

Правильное дерево

Neighbour Joining using % identity, укоренение в среднюю точку	Neighbour Joining using BLOSUM62, укоренение в среднюю точку

* Деревья, укоренённые в среднюю точку, были построены в программе retree пакета phylip.

Дерево, построенное алгоритмом Neighbour Joining using % identity, было укоренено в ветвь {LACLM, STRPN, ENTFA, BACSU, LISMO, STAES} vs {LACAC, CLOTE}. Дерево, построенное алгоритмом Neighbour Joining using BLOSUM62, было укоренено в ветвь {LACAC} vs {LACLM, STRPN, ENTFA, BACSU, LISMO, STAES, CLOTE}. Оба полученных укоренения не соответствуют правильному дереву.

Сравнение правильного дерева с деревом, укоренённым с помощью внешней группы:

Правильное дерево	Maximum Parsimony, укоренение с помощью внешней группы

Дерево, построенное алгоритмом Maximum Parsimony, было укоренено в ветвь {LACLM, STRPN, ENTFA, BACSU, LISMO, STAES, CLOTE, LACAC} vs {ECOLI}. Затем ветвь, ведущая к ECOLI, была удалена. Таким образом, осталось дерево, укоренённое в ветвь {LACLM, STRPN, ENTFA, BACSU, LISMO, STAES, CLOTE} vs {LACAC}. Полученное укоренение не соответствует правильному дереву.

Сравнение правильного дерева с деревом, построенным алгоритмом Neighbour joining с использованием Bootstrap:

Правильное дерево	Neighbour Joining, Bootstrap consensus tree, 100 Replications

* Bootstrap consensus tree не отличается от Original tree.

Дерево, построенное алгоритмом Neighbour Joining с использованием Bootstrap, было укоренено так, чтобы Clostridium tetani (CLOTE) находился против клады, образованной таксоном Bacilli. Таким образом, это дерево не отличается от правильного дерева.