ЯМР

На сайте PDB была выбрана структура 2m94, решённая методом ЯМР в 2014 году для лимфоцитарного рецептора NKR-P1A. Данная структура содержит 10 моделей длиной по 139 аминокислотных остатков.

Рисунок 1. Структура 2m94. Данная структура содержит 10 моделей. Модель №1 окрашена розовым цветом. Модель №3 окрашена циановым цветом. Остальные 8 моделей окрашены градиентами серого цвета. В модели №1 Arg14 образует две водородных связи с Glu48, в то время как в модели №3 Arg14 образует одну водородную связь с Asp15.

На Рисунке 1 приведён частный случай сильного различия отдельных моделей одной структуры, решённой методом ЯМР. Данный пример свидетельствует о значительных усреднениях, производимых для решения структуры методом ЯМР.

Биологические единицы

На сайте PDB была выбрана структура 4krz, решённая методом X-ray в 2014 году для бактериальной пируват киназы. Асимметрическая единица данной структуры является гомодимером. Биологическая единица данной структуры является гомотетрамером.

Рисунок 2. Структура 4krz, биологическая единица. Одна асимметрическая единица данной структуры выделена розовым цветом. Другая асимметрическая единица данной структуры выделена циановым цветом. У одного из мономеров первой асимметрической единицы не показана поверхность.

На Рисунке 3 показана одна из двух областей контакта асимметрических единиц структуры 4krz. Полярные атомы, участвующие в образовании контакта, показаны шариками. Видно, что в образовании контакта участвуют две α-спирали и два β-листа. Информация о полярных атомах, участвующих в образовании контакта, получена следующими командами PyMol:
select 1A_polar, symbol n+o and 1A and not het
select 2B_polar, symbol n+o and 2B and not het
select 1A_interact, 1A_polar within 3.5 of 2B_polar
select 2B_interact, 2B_polar within 3.5 of 1A_polar

Рисунок 3. Одна из двух областей контакта асимметрических единиц структуры 4krz.

Рисунок 4. Водородные связи, образуемые двумя α-спиралями в области контакта асимметрических единиц структуры 4krz.

На Рисунке 4 показаны водородные связи, образуемые двумя α-спиралями в области контакта асимметрических единиц структуры 4krz, в частности, образуемые аминокислотными остатками Lys368, Met375, Ser384, Glu391 каждой α-спирали.