Гидрофобные кластеры

Гидрофобные кластеры внутри цепей

С помощью сервиса Clud был проведён поиск гидрофобных кластеров в структуре 1qrn (рисунок 1). Наиболее разумный результат был получен при пороге расстояния, равном 4.5 Å: найденные гидрофобные кластеры похожи на "начинки" сендвичей, стабилизирующие их архитектуру и несущие информацию о доменной структуре комплекса. На рисунке 2 показаны семь наибольших гидрофобных кластеров, найденных при таком пороге расстояния (величина кластеров от 60 до 370 атомов).
При пороге расстояния, равном 5.4 Å, гидрофобные кластеры "вытекают" из сендвичей (рисунок 3). При пороге расстояния, равном 4.0 Å, было найдено 20 гидрофобных кластеров, состоящих из более чем 10 атомов (рисунок 4). Все эти кластеры оказались маленькими и не соответствуют доменной структуре комплекса.

Рисунок 1. Структура 1qrn.

Рисунок 2. Семь наибольших гидрофобных кластеров, найденных в структуре 1qrn с помощью сервиса Clud при пороге расстояния, равном 4.5 Å.

Рисунок 3. Шесть наибольших гидрофобных кластеров, найденных в структуре 1qrn с помощью сервиса Clud при пороге расстояния, равном 5.4 Å. Вследствие увеличения гидрофобных кластеров при таком пороге расстояния, два кластера слились в один большой гидрофобный кластер (показан оранжевым), что не соответствует доменной структуре комплекса.

Рисунок 4. 20 гидрофобных кластеров, найденных в структуре 1qrn с помощью сервиса Clud при пороге расстояния, равном 4.0 Å.

Гидрофобные кластеры на интерфейсе цепей

Найти структуру, у которой на интерфейсе цепей имеются гидрофобные кластеры, оказалось довольно сложно. Такая структура (PDB ID: 2hj6) была найдена среди трансмембранных белков. С помощью севиса Clud в этой структуре был проведён поиск гидрофобных кластеров (рисунок 5).

Рисунок 5. Пять гидрофобных кластеров (один кластер не виден), найденных на интерфейсе цепей структуры 2hj6 с помощью сервиса Clud при пороге расстояния, равном 4.5 Å.