Сравнение доменов

Для асимметрической единицы структуры 1pnr, расшифрованной для комплекса пуринового репрессора с ДНК, было произведено сравнение доменов SCOP и Pfam (рисунок 1). В SCOP N-концевой домен имеет координаты 3-58 а.о. и С-концевой домен имеет координаты 59-340 а.о. В Pfam для N-концевого домена имеется аннотация, что он относится к lacI-семейству бактериальных регуляторных белков и имеет координаты 2-47 а.о., для С-концевого домена имеется аннотация, что он обнаружен во многих транскрипционных факторах, имеет сходство с бактериальными периплазматическими связывающими белками, хотя маловероятно найти его в периплазме, и имеет координаты 169-330.

Определение границ доменов в SCOP кажется более разумным, поскольку согласуется с пространственной структурой белка. По-видимому, алгоритмы Pfam "недоопределили" границы доменов, что видно на рисунке 2: С-концевой домен даже имеет "оторванную" границу. Возможно, это связано с тем, что данный домен имеет сходство с бактериальными периплазматическими связывающими белками (по данным Pfam).