Электронная плотность
![](2nx9_all.png)
![](2nx9_123.jpg)
Наибольший уровень подрезки (3.0) позволяет увидеть области пространства, в которых электронная плотность наиболее высока. Сгущения электронной плотности в пространстве соответствуют координатам атомов в структуре белка. Отрицательно заряженные атомы имеют большую электронную плотность по сравнению с незаряженными и положительно заряженными атомами.
Для оценки соответствия данной модели структуре белка можно оценить качество "вписывания" данной модели в электронную плотность. Оценим это качество на уровне подрезки 1.0 (визуализация электронной плотности проводилась в PyMol для каждого из трёх аминокислотных остатков по отдельности, поэтому не видна остальная электронная плотность в ячейке). На Рисунке 2 видно, что Lys178 полностью помещается в свою электронную плотность, т.е. его модель соответствует структуре, возможно потому, что данный аминокислотный остаток является каталитическим (PubMed: 17270211). Однако в области остовной части Leu177 и аминокислотного остатка Asp179 данный уровень подрезки электронной плотности "дырявый". Видимо, в этих областях электронная плотность размыта, и нельзя быть уверенными в качестве модели.