Поверхность
Для биологической единицы структуры 1pnr, расшифрованной для комплекса пуринового репрессора с ДНК (рисунок 1), были получены изображения поверхностей контакта (рисунки 2, 3, 4 и 6).
Рисунок 1. Биологическая единица структуры 1pnr.
Один мономер белка показан зелёным, другой мономер белка показан жёлтым.
Двуцепочечная ДНК показана коричневым.
Рисунок 2. Димер белка структуры 1pnr.
Один мономер белка показан зелёным, другой мономер белка показан жёлтым.
Поверхность одного мономера белка, контактирующая с другим мономером белка, показана красным.
Рисунок 3. Биологическая единица структуры 1pnr.
Один мономер белка показан зелёным, другой мономер белка показан жёлтым.
Двуцепочечная ДНК показана коричневым.
Поверхность димера белка, контактирующая с двуцепочечной ДНК, показана красным.
Рисунок 4. Биологическая единица структуры 1pnr.
Один мономер белка показан зелёным, другой мономер белка показан жёлтым.
Двуцепочечная ДНК показана коричневым.
Поверхность двуцепочечной ДНК, контактирующая с димером белка, показана красным.
Видно, как α-спирали белка ложатся в бороздки ДНК.
С помощью сервиса Clud в структуре 1pnr было найдено три гидрофобных кластера, размером больше 10 атомов, на интерфейсе двух мономеров белка: один кластер размером 122 атома и два кластера размером 20 атомов (рисунок 5).
Рисунок 5. Три гидрофобных кластера,
найденных на интерфейсе двух мономеров белка структуры 1pnr с помощью сервиса Clud при пороге расстояния, равном 4.5 Å.
Рисунок 6. Димер белка структуры 1pnr.
Один мономер белка показан зелёным, другой мономер белка показан жёлтым.
Поверхность одного мономера белка, образующая гидрофобные контакты с другим мономером белка, показана красным.