В ходе практикума использовались аминокислотная последовательность белка Q9PF20 (SURE_XYLFA),
взятая с UniProt, и нуклеотидная последовательность
генома Xylella fastidiosa (strain 9a5c), из которой с помощью команды "seqret sequence.fasta -sbeg 819161 -send819949 -filter -sreverse1 -outseq CDS.fasta"
была получена нуклеотидная последовательность гена белка Q9PF20.
Затем были созданы нуклеотидные последовательности с определенными мутациями, описанными в таблице (см. ниже). С помощью
" transeq mutatedCDS\(N\).fasta -filter translated-N.fasta" эти мутированные гены были транслированы в аминокислотные последовательнотси и, наконец,
с командой "needle SURE_XYLFA.fasta translated-11.fasta alignment-11.fasta" были построены выравнивания, визуализированные в Jalview.