jmol pr1

Визуализация молекул в JMol

Flocculation protein FLO5 (id 2XJP) из генома Saccharomyces cerevisiae (Пекарские дрожжи).

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-O-C (°)
Альфа спирали
1	N(TYR820)-O(ASN768)	2,84	142,17
2	N(TYR868)-O(ALA813)	3,00	152,99
3	N(MET841)-O(MET841)	3,13	154,68
Бета тяжи
1	N(VAL3367)-O(TYR2449)	2,90	160,28
2	N(GLY3336)-O(PHE2484)	2,97	154,86
3	N(GLY2421)-O(MET3406)	2,91	165,05

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

Имена атомов

Длина связи (Å)

Угол N-O-C (°)

Альфа спирали

N(TYR820)-O(ASN768)

2,84

142,17

N(TYR868)-O(ALA813)

3,00

152,99

N(MET841)-O(MET841)

3,13

154,68

Бета тяжи

N(VAL3367)-O(TYR2449)

2,90

160,28

N(GLY3336)-O(PHE2484)

2,97

154,86

N(GLY2421)-O(MET3406)

2,91

165,05

Вывод

Согласно рекомендации IUPAC 2011 года, угол водородной связи находится в диапозоне 110-180º. По результатам практикума были рассчитаны средние значения исследуемых величин: средняя длина водородной связи составляет 2,958Å, средний угол N-O-C 155,007°. Эти данные согласуются с известными стандартными значениями.

Практикум 1

Визуализация молекул в JMol

Вывод