В этом практикуме использовалась программа
MarvinSketch, которая позволяет быстро и точно
рисовать химические соединения, реакции, структуры молекул и пр.
В ходе практикума были изучены структуры нуклеотидов, нуклеозидов и двуцепочечных молекул ДНК, а также освоены основные
инструменты и методы работы в MarvinSketch.
Результаты вы можете посмотреть, скачав
файл, или на картинках ниже.
В этом задании нужно было нарисовать 2'-дезоксигуанозиндифосфат, 2'-дезокситимидинмонофосфат,
уридин и псевдоуридин, а затем пронумеровать атомы остатков азотистых оснований и сахара (команда map). Как видно из рисунка 3 уридина и псевдоуридина, строение этих нуклеотидов
отличается расположением атомов азота (N1) и углерода (C5) в цикле. Таким образом, псевдоуридин соединяется с сахаром не через N-гликозидную
связь C-N, а через C-гликозидную С-С, благодаря чему он имеет большую способность к образованию конформаций по сравнению с уридином.
В этом задании нужно было воспроизвести изображение фрагмента двухцепочечной ДНК с последовательностью T-C-A-G. Как
можно заметить, фрагмент состоит из двух антипараллельных цепей, каждая из которых состоит из нуклеотидов и сахарофосфатного остова.
Между собой цепи соединяются за счет водородных связей между комплементарными азотистыми основаниями, где донорами водорода являются
группы -NH2 и -NH, а акцепторами водорода атомы О и N, не связанные с водородом. 5' и 3' концы определяются по гидроксильным группам,
через которые осуществляется связь с остатками фосфорной кислоты, находящихся при 5' и 3' атомах углерода дезоксирибозы.
Рис. 4. Структура фрагмента двуцепочечной молекулы ДНК.
