Рис.1 . изображение окрестности гена Casp3
С помощью Ensembl я нашла свой выбранный белок человека Casp3 и построила его выравнивание с гомологом из шимпанзе.
Затем командой infoalign из EMBOSS:
infoalign Human_Chimpanzee_lastz.fasta -html -only -name -heading -alignlength -diffcount ali_table.txt
я получила таблицу 3 с характеристиками выравнивания, на основании которых можно посчитать процент различий на 100 нуклеотидов.
В итоге, процент различий составил 1,25%. В интернетах я нашла данные, что различия генов человека и шимпанзе составляют примерно 4%
(
полногеномная оценка,
версия для отбитых), так что полученное мной не противоречит этому.
Выравнивание
здесь.
