Я пыталась.Вроде работает.
Просто посмотрите на ето (bash).
bash pr9_1.sh <длина последовательностей> <геном бактерии>
По задумке автора, данный скрипт принимает в качестве 1-2 аргументов длину (число) и файл с геномом бактерии. Далее создается 100
рандомных последовательностей данной длины, которые используются в дальнейшем как запрос в blastn, а в качестве базы данных используется данный
геном. blastn осуществляется с параметром e-value меньше 0.1. Далее количество находок подсчитывается как количество строк в выходном файле бласта
с -outfmt 6 (cut вырезает из wc имя файла) и делится на 100 (чтобы получить
среднее значение).
Кстати, в этом и следующем скрипте, я сначала использовала команду dos2unix *.fasta, чтобы предотвратить появление
значка нотки (восьмая, возврат каретки, перенос строки?), связанное, как я поняла, с различиями символов переноса строк в Windows и Linux, ОДНАКО
потом от Руслана я узнала, что можно делать совсем подругому, поэтому я исправила скрипты.
