Практикум 12.

Для выполнения этого практикума мне была выдан метаболический путь с номером map00405. Оказалось, что этот путь связан с биосинтезом феназина. Референсная версия данного метаболического пути представлена на рис.1.

Для дальнейшего рассмотрения я выбрала реакцию, отмеченную на рис.2 розовым цветом (R10966). Информация об этой реакции представлена в таблице на рис.3. В ходе реакции, в которую вступают диметилаллилпирофосфат и 5,10-дигидрофеназин-1-карбоксилат, происходит отщепление диметилаллильной группы от дифосфата и присоединение ее к 9 атому дигидрофеназина (схема реакции на рис.3). Эта реакция катализируется ферментом 5,10-дигидрофеназин-1-карбоксилат 9-диметилаллилтрансферазой, код фермента: 2.5.1.121 .
Первая цифра в коде фермента обозначает 1 из 7 классов ферментов. В данном случае, это трансфераза (2). Вторая цифра - подкласс, конкретизирующий реакцию и субстрат данного фермента. Данный фермент входит в подкласс трансфераз, осуществляющих перенос алкильных или арильных групп, отличных от метильных групп (5). Третья цифра должна обозначать под-подкласс. Для данного подкласса фермента, как я поняла, индентифицирован только один под-подкласс, соответственно - 1. Код четвертого уровня 121 - зарезервированный номер данного фермента.

Затем я выбрала два организма с данным метаболическим путем: Streptomyces griseus и Halobacterium salinarum NRC-1 (Рис.4 и 5 соответственно). Зеленым отмечены реакции (белки), которые были найдены для конкретного организма в данном метаболическом пути. Судя по представленным картам, путь биосинтеза феназина в обоих выбранных организмах не отличается.
Для Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350 были определены количество метаболических путей (310) и количество генов (10853).