Для построения деревьев я выбрала белок с мнемоникой RS2 (Рибосомный белок S2).
Выравнивание последовательностей белков 7 бактерий из предыдущего практикума и e.coli было выполнено в JalView, а затем с помощью MEGAX
методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") было построено дерево. По e.coli было произведено укоренение.
Рис.1 Изображение дерева, укоренного в ветвь e.coli (subtree).
Также в MEGAX был проведен бутстрэп-анализ филогении белков. Из входного выравнивания было создано 100 бутстрэп-реплик.
Оказалось, что построенные деревья не отличаются друг от друга.
Рис.2 Изображение дерева, полученного при бутстрэп-анализе. Числа на ветвях - «бутстрэп-поддержка», (процент деревьев, в которых встретилась данная ветвь)
Рис.3 Изображение дерева, полученного при выравнивании по последовательностям 16S rRNA (N-J).
Рис.3 Изображение дерева, полученного при выравнивании по последовательностям 16S rRNA с помощью метода бутстрэп.
