Практикум 1.

В данном практикуме я изучала основы работы в Pymol на примере структуры pdb 6ps6.
Оказалось, что за этими буквами и цифрами скрывается фьюжин белка бета-2 адренергического рецептора и лизоцима Т4. В pdb структуре также присутствуют несколько лигандов, таких как молекулы SO4, холестерол, малеат тимолола (TIM), 1-олеоил-R-глицерин и олеиновая кислота. Холестерол, олеиновые кислоты и другие лиганды располагаются, в основном, вокруг мембранного домена белка, состоящего из альфа-спиралей. TIM находится более погруженно между этими альфа-спиралями.
Согласно информации, представленной на сайте RCSB PDB Тимолол - это неселективный антагонист бета-адренорецепторов, который вводится в виде глазных капель для снижения внутриглазного давления или давления в глазах. Он также используется в форме таблеток в качестве лекарства для лечения гипертонии. Тимолол впервые был одобрен FDA в 1978 г. Этот препарат продается несколькими производителями и является эффективным средством для лечения таких состояний, как открытоугольная глаукома и гипертония. На рис.1. я показала фрагмент молекулы белка, в котором расположены остатки аминокислот, атомы которых, взаимодействуют с TIM.

Вы можете также посмотреть сессию в Pymol.
Можно предположить, что антагонист тимолол удерживается в активном центре адренергического рецептора за счет четырех водородных связей, показанных на рисунке белым пунктиром и стэкинг-взаимодействия с ароматическим кольцом остатка Phe-290 (светло-синий пунктир).