Практикум 3.

В данном задании я работала со структурой 6HOI, у которой в 34 положении находится остаток глутамата с двумя альтернативными положениями.

На рисунках 1 и 2 остаток в альтернативной конформации А покрашен в зеленый цвет, B - в пурпурный. На рис.1 зеленым пунктиром отмечены водородные связи, которые, как можно предполагать, поддерживают данную конформацию. На рис. 1 и 2 также отображено взаимодействие остатков глутамина-4 и лизина-2, которое само по себе не поддерживает состояние глутамата-34, но для конформера А существует помимо взаимодействия с ним, и, как мне кажется, поддерживает лизин в том положении, в котором возможно взаимодействие глутаматом-34, поэтому я решила отобразить его на рисунках. Можно заметить, что состояние А стабилизируют 1 взаимодействия с остатком лизина-2, а в состоянии B глутамат может взаимодействовать с атомом азота в составе остова глутамина-4. При этом представленность двух альтернатив примерна равная, для B даже немного выше, что, в принципе, согласуется с показанным окружением остатка.

В данном задании использовалась та же структура из PDB 6HOI. На рис. 3 показан остов молекулы, покрашенный в соответствии с B-фактором. В-фактор отображает насколько подвижен данный участок белка, в соответствии с размытием его электронной плотности. На рисунках 4 и 5 также изображена эта структура, но с другими раскрасками, которые дают понять, что наиболее подвижные участки находятся, в основном, на концах цепей.

На рис.6 изображен остаток гистидина-9, который является одним из наиболее подвижных в этой структуре. Это хорошо заметно по красному цвету имидозольного кольца. Видно, что mesh, который отображает область пространства вокруг атомов этого гистидина с повышенной электронной плотностью, не покрывает все кольцо. В то время как другие остатки (рис.7) хорошо и целиком вписываются в свои ЭП. Это может быть связано с подвижностью данного гистидина, хотя в его окружении есть несколько остатков, которые могли бы его стабилизировать, что немного странно. В данном случае я выбрала уровень подрезки = 1.

На следующих рисунках показан кристалл белка 6HOI, с отсечкой = 5 на рисунках изображены 9 молекул - 1 красная центральная и ее 8 соседей. В центре красным обозначена молекула, вокруг которой определены соседи (покрашены в холодные цвета).