Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре.



Задание 1.

Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1o0c.pdb

Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-902-907-3'
5'-966-971-3'
Всего 6 пар		 предсказано 6 пар из 7 реальных
        2 ggggua 7 
          ||||||   
       70 ccccau 65
 5'-901-907-3'
5'-965-971-3'
Всего 7 пар
D-стебель 5'-910-912-3'
5'-923-925-3'
Всего 3 пары		 предсказано 0 пар из 3 реальных 5'-910-912-3'
5'-922-924-3'
Всего 3 пары
T-стебель 5'-949-953-3'
5'-961-965-3'
Всего 5 пар		 предсказано 0 пар из 5 реальных 5'-948-952-3'
5'-960-964-3'
Всего 5 пар
Антикодоновый стебель 5'-939-943-3'
5'-927-931-3'
Всего 5 пар		 предсказано 0 пар из 5 реальных 5'-938-942-3'
5'-926-930-3'
Всего 5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов 19 6 20


Результаты по find_pairs взяты из предыдущего практикума. Для программы einverted из EMBOSS параметры были изменены:
Minimum score был снижен до 2.
Алгоритм Зукера был реализован программой RNAfold.


Рисунок 1. Изображение с лучшим предсказанием, полученное по алгоритму Зукера, оно было получено вторым по счету


Задание 2.

В этом задании был исследован ДНК-белковый комплекс 1dsz, при этом для рассмотрения белка была взята только цепь A.

Упражнение 1.

Ссылки на скрипты: функция define, скрипт посложнее.

Упражнение 2.


Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1dsz.pdb

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 3 11 14
остатками фосфорной кислоты 12 8 20
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 3 5 8
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 2 2


Упражнение 3.




Упражнение 4.

С помощью программы nucplot были выявлены два аминокислотных остатка с наибольшим числом контактов с ДНК, а именно:
1. Tyr1147(A), контактирующий с ДНК напрямую атомами N и OH, а также опосредованно через HOH тем же атомом OH:
     HOH C 2065    O      TYR A 1147    OH    2.95
     HOH C 2065    O        G C 1497    N7    2.66
     TYR A 1147    N        A C 1496    O2P   2.91
     TYR A 1147    OH       G C 1497    O2P   2.62

2. Arg1161(A), контактирующий с ДНК напрямую атомами NH1 и NH2, а также опосредованно через HOH теми же атомами NH1 и NH2:
     ARG A 1161    NH2      T D 1539    O2P   2.96
     ARG A 1161    NH1      G D 1540    N7    2.97
     ARG A 1161    NH1    HOH D 2085    O     2.98
     ARG A 1161    NH2    HOH A 2017    O     3.00
     HOH A 2017    O        G D 1540    O2P   2.91
     HOH D 2085    O        G D 1540    O6    2.57

Теперь исследуем поближе эти взаимодействия с помощью JMol.


Рисунок 2. Взаимодействия Arg1161 с ДНК



Рисунок 3. Взаимодействия Tyr1147 c ДНК



©Makarikova Olga 2018