Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника
Serratia proteamaculans	SERP5
Yersinia pestis	YERPE
Escherichia coli	ECOLI
Haemophilus influenzae	HAEIN
Pasteurella multocida	PASMU
Rhizobium meliloti	RHIME
Bartonella henselae	BARHE
Acidiphilium cryptum	ACICJ

Скобочная формула дерева
((((SERP5, YERPE), ECOLI), (HAEIN, PASMU)), ((RHIME, BARHE), ACICJ));

Изображение дерева
С помощью программы MEGA7 было получено следующее изображение:

Ветви дерева

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:

1) {SERP5, YERPE} против {ECOLI, HAEIN, PASMU, RHIME, BARHE, ACICJ}
2) {SERP5, YERPE, ECOLI} против {HAEIN, PASMU, RHIME, BARHE, ACICJ}
3) {HAEIN, PASMU} против {ECOLI, SERP5, YERPE, RHIME, BARHE, ACICJ}
4) {RHIME, BARHE, ACICJ} против {ECOLI, HAEIN, PASMU, SERP5, YERPE}
5) {RHIME, BARHE} против {ECOLI, HAEIN, PASMU, SERP5, YERPE, ACICJ}

Реконструкция филогении
С помощью таксономического сервиса NCBI были получены следующие таксономии:

Serratia proteamaculans: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia

Yersinia pestis: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex

Escherichia coli: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia

Haemophilus influenzae: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus

Pasteurella multocida: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella

Rhizobium meliloti: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Sinorhizobium/Ensifer group; Sinorhizobium

Bartonella henselae: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bartonellaceae; Bartonella

Acidiphilium cryptum: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Acetobacteraceae; Acidiphilium

Заметим, что для организма Rhizobium meliloti сайт выдал ссылку на организм Sinorhizobium meliloti.

Из этого списка видно, какие ветви охватывают таксон:

1) {SERP5, YERPE} против {ECOLI, HAEIN, PASMU, RHIME, BARHE, ACICJ} - семейство Yersiniaceae
2) {SERP5, YERPE, ECOLI} против {HAEIN, PASMU, RHIME, BARHE, ACICJ} - порядок/отряд Enterobacterales
3) {HAEIN, PASMU} против {ECOLI, SERP5, YERPE, RHIME, BARHE, ACICJ} - семейство Pasteurellaceae
4) {RHIME, BARHE, ACICJ} против {ECOLI, HAEIN, PASMU, SERP5, YERPE} - классы Alphaproteobacteria и Gammaproteobacteria
5) {RHIME, BARHE} против {ECOLI, HAEIN, PASMU, SERP5, YERPE, ACICJ} - порядок/отряд Rhizobiales