Общее описание компонентов структуры в записи PDB 1IE0

На Главную
Первый Семестр
     

Пространственная структура LUXS_BACSU (PDB ID 1IE0)

Заголовок структуры: STRUCTURAL GENOMICS 05-APR-01 1IE0 (Структурная геномика)

Название структуры:CRYSTAL STRUCTURE OF LUXS (Кристаллическая структура LUXS)

В документе представлены следующие цепи макромолекул:
Идентификатор цепиЧисло остатковНазвание молекулы Комментарии
A157 AUTOINDUCER-2 PRODUCTION PROTEIN LUXS(Белок LUXS производящий автоиндуктор-2)
Синоним:AI-2 SYNTHESIS PROTEIN(Белок синтезирующий АИ-2) 		 В составе белка только одна цепь А.84-ый модифицированный цистеин(OSC) почему-то не включается в состав остова белка,поэтому в остовной модели виден разрыв между 83 и 85 а.о.

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
  
ID НазваниеФормулаЧисло молекулКомментарии
OCS CYSTEINESULFONIC ACID(Цистеинсульфоновая кислота)C3H7NO5S 184 аминокислотный остаток цепи А;
соединен с 83 и 85 а.о. пептидной связью;
входит в состав цепи A;
ZN ZINC ION(ион цинка)Zn 2+11001ый атом цепи А;
ковалентных связей не образует
GOL GLYCEROL(Глицерол,глицерин)C3H5(OH)31в состав цепи не входит;
возможно это молекула растворителя
HOHВода*187(H2O)187в состав цепи не входит;


Структура белка LUXS_BASCU в шариковой модели:


серый - углерод(С)
красный - кислород(О)
фиолетовый - азот(N)
желтый - сера(S)
зеленый - вода (H2O)

Структура белка LUXS_BASCU в остовной модели:


синяя линия - остов белка
серый - углерод(С)
светло-красный - кислород(О)
фиолетовый - азот(N)
желтый - сера(S)
темно-красный - вода (H2O)
зеленый - ион цинка(Zn2+)

Оценка размеров белка LUXS_Bascu.

По форме белок напоминает виноградную гроздь.
Характерные расстояния:
Atom#1 Atom#2 Distance
GLY157A.O LYS124A.NZ 48.96
LYS124A.NZ LYS154A.NZ 48.86
THR29A.CG2 LYS130A.NZ 49.80

Диаметр белка равен примерно 50Å.Поэтому радиус сферы выбираем R=25Å.
Объем,занимаемый одним белком:Vбелка=4/3πR3=4/3*&pi*(25*10-10)3=0,065*10-24м3; Если считать клетку E.coli цилиндром с r=0,5μm h=2μm,то ее объем:Vкл=πr2h=π(0,5*10-6)2*2*10-6=1,57*10-18м3;
Всего белков такого размера поместится в клетку около N=Vкл/Vбелка=1,57*10-18/0,065*10-24=24153846 белков;
Если считать,что все 4400 белков в клетке имеют те же размеры,что и LUXS_BASCU,и в клетке нет ничего,кроме белков,то в клетке n=N/4400=24153846/4400=5490 молекул LUXS_BASCU;

Видимый свет имеет длину волны в диапазоне λ=380 - 760 нм.Возьмем λ=700*10-9м.Предел разрешения светового микроскопа &lambda/2=350*10-9м;
Чтобы объект был виден под световым микроскопом,его размеры должны быть не меньше λ/2.
Чтобы выстроить квадрат со стороной 350 нм понадобится 350*350/5*5=4900 молекул белка.


Структура аминокислоты Серин в ChemSketch:


голубой - углерод(С)
красный - кислород(О)
синий - азот(N)
белый - водород(Н)

Структура аминокислотного остатка Серин в RasMol:


серый - углерод(С)
красный - кислород(О)
фиолетовый - азот(N)

В ACD ChemSketch изображена аминокислота,а в RasMol - аминокислотный остаток. Кроме того,аминокислотный остаток включен в состав белка,что влияет на все углы между связями и расположение всех атомов.Аминокислота изображена отдельно.

скрипты RasMol можно посмотреть здесь