Особенности аминокислотного состава белка LUXS_Bacsu

На Главную

Мои результаты:

Первый Семестр
Второй Семестр

1. Последовательность белка LUXS_Bacsu в формате FASTA

>sp|O34667|LUXS_BACSU S-ribosylhomocysteinase
MPSVESFELDHNAVVAPYVRHCGVHKVGTDGVVNKFDIRFCQPNKQAMKPDTIHTLEHLLAFTIRSHAEKYDHFDIIDISP
MGCQTGYYLVVSGEPTSAEIVDLLEDTM KEAVEITEIPAANEKQCGQAKLHDLEGAKRLMRFWLSQDKEELLKVFG

2. Длина последовательности - 157 а.о.

3. Молекулярная масса белка LUXS_Bacsu - 17685 а.е.м.

С помощью функции ВПР ставим каждой аминокислоте в соответствие её молекулярную массу.
Затем считаем (с помощью СУММ) сумму масс всех аминокислот и вычитаем из нее столько масс воды,сколько
пептидных связей в белке,(т.к. при образовании пептидной связи выделяется молекула воды).
Молекулярная масса воды - 18 а.е.м.

4. Аминокислотный состав белка LUXS_Bacsu

5. Средний электрический заряд молекулы: -5|е| или -8,01*10^-19Кл.

Средний электрический заряд молекулы вычисляется как сумма зарядов всех а.о. Считаем,что при рН=7 Глутаминовая кислота(Е) и Аспарагиновая кислота(D) имеют заряд -1|е|,Аргинин(R) и Лизин(K) +1|e|,а Гистидин(Н) +0,5|e|,где |е|=1,602*10^-19Кл(заряд электрона).Средний заряд белка в Кл -8,01*10^-19. C помощью функций ЕСЛИ и ИЛИ ставим в соответствие каждой аминокислоте её заряд.С помощью СУММ находим средний электрический заряд молекулы

подробнее см. книгу LUXS_Bacsu.xls лист Charge

6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии.

1."явно гидрофобные"

2."явно гидрофильные"

3."остальные"

Белок LUXS_Bacsu скорее всего немембранный,т.к. его диагрмма совсем не похожа на диаграмму мембранных белков(у него сильно меньше гидрофобных белков,чем у мембранных).Однако точно ничего утверждать нельзя,поскольку первая диаграмма составлена для конкретного белка,а вторая и третья - для больших групп белков.Они показывают среднее значение частот,поэтому белок LUXS_Bacsu может быть как мембранным,так и немембранным

подробнее см. книгу LUXS_Bacsu.xls лист HPhob_comparison

7. Дополнительные исследования.Исследованиe гидрофобности белка.

Как показывает график,белок LUXS_Bacsu имеет 2 явно гидрофобных участка(примерно с 10 по 15 и с 70 по 103 а.о.) и 2 гидрофильных участка(примерно с 25 по 70 и со 103 по 150 а.о.). Про пик в коце графика ничего точно сказать нельзя,т.к. он попадает на 152ой а.о. и для него профиль гидрофобности считается не так,как для остальных(начиная со 138ого а.о. берется окно уже меньше,чем в 20 а.о.).

Сначала ставим каждой аминокислоте в последовательности в соответствие заначение гидрофобности по шкале Kyte&Doolittle с помощью функции ВПР().Затем для каждой аминокислоты с 1ой по 157ую,считается суммарная гидрофобность с i-ой по (i+19)-ую аминокислот с помощью функции СУММ.

подробнее см. книгу LUXS_Bacsu.xls лист HPhob_profile

Исследование распределения длин белков B.subtilis.

Длина белка LUXS_Bacsu - 157 аминокислотных остатков,как показывает гистограмма таких 1024,считая данный белок. Если считать среднюю длину белка как (сумма всех длин)/(кол-во белков),то длина белка LUXS_Bacsu ниже средней.

подробнее см. книгу LUXS_Bacsu.xls лист prot_length