MEME

 На Главную
Второй Семестр
     

Занятие 13. Программа MEME.

  1. Мотивы в наборе гомологов LUXS_BACSU.

    2. Последовательности гомологов в формате fasta : myproteins.fasta
    Резульаты поиска с помощью MEME : memeout.txt
    Найдено 3 мотива.(-nmotfs = 3)

    Motif № В скольких
    последовательностях    		 Kоординаты в
    LUXS_BACSU    		 P-value для
    LUXS_BACSU     		Длина Относительная энтропия
    1 8 5 - 45 1.08e-37 41 134.6 bits
    2 11 77 - 105 2.60e-26 29 89.2 bits
    3 11 115 - 150 8.38e-26 36 95.7 bits

  2. Мотивы, найденные MEME.


    3. myproteins_aligned.msf

  3. Мотивы, найденные с помощью MAST в последовательностях, из которых составлено выравнивание seed одного из доменов LUXS_BACSU, взятое из Pfam.

    4. Результаты поиска :
    mastout.html
    1) 1ый мотив нашелся в 4 последовательностях,а 2ой и 3ий - в 5(из 5, имевшихся в seed.fasta). Каждый из мотивов встречается в белке не более 1 раза.
    2) Все мотивы нашлись в 4 последовательностях (кр. LUXS_BORBU).
    3) Выравнивание, взятое из Pfam, не до конца соответствует мотивам.
    Например,все мотивы смещены на 1 а.о. влево(т.е. 4-45,а не 5-46),т.к. последовательность LUXS_BACSU начинается не M, а с Р.