MEME

Занятие 13. Программа MEME.

Мотивы в наборе гомологов LUXS_BACSU.

Последовательности гомологов в формате fasta : myproteins.fasta
Резульаты поиска с помощью MEME : memeout.txt
Найдено 3 мотива.(-nmotfs = 3)



Motif №	В скольких последовательностях	Kоординаты в LUXS_BACSU	P-value для LUXS_BACSU	Длина	Относительная энтропия
1	8	5 - 45	1.08e-37	41	134.6 bits
2	11	77 - 105	2.60e-26	29	89.2 bits
3	11	115 - 150	8.38e-26	36	95.7 bits

Мотивы, найденные MEME.


myproteins_aligned.msf

Мотивы, найденные с помощью MAST в последовательностях, из которых составлено выравнивание seed одного из доменов LUXS_BACSU, взятое из Pfam.

Результаты поиска :
mastout.html
1) 1ый мотив нашелся в 4 последовательностях,а 2ой и 3ий - в 5(из 5, имевшихся в seed.fasta). Каждый из мотивов встречается в белке не более 1 раза.
2) Все мотивы нашлись в 4 последовательностях (кр. LUXS_BORBU).
3) Выравнивание, взятое из Pfam, не до конца соответствует мотивам.
Например,все мотивы смещены на 1 а.о. влево(т.е. 4-45,а не 5-46),т.к. последовательность LUXS_BACSU начинается не M, а с Р.