Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

 На Главную
Второй Семестр
     

  1. Доменная структура LUXS_BACSU по данным Pfam.

    2. Доменная структура белка LUXS_BACSU по данным Pfam
    Cхема из Pfam:
    Пояснения к схеме
    № Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
    		Положение в последовательности белка LUXS_BACSU Клан
    1. PF02664 LUXS Семейство доменов названо по названию белка LuxS,участвующего автоиндуктора AI2. S-рибозилгомоцистеиназа(LuxS) катализирует разрыв тиоэфирной связи в S-рибозилгомоцистеине (SHR) и его превращение в 4,5-дигидрокси-2,3-пентандион (DPD). 2–156 Входит в клан Peptidase_ME (CL0094) содержащий 4 семейства.

  2. Опишите, как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка

    3. Представленность домена PF02664 в организмах разных видов

    Таксон
    Количество белков с доменом PF02664.
    Эукариоты Зеленые растения  0
    Грибы  0
    Животные  0
    Остальные эукариоты  0
    Бактерии 771
    Археи  0
    Домен встречается в белках 344 организмов,причем все они - бактерии.(т.к. участвует в кворум-сенсинге.)
    Большинство из них относятся к Firmicutes(355 ) и Proteobacteria(318).

  3. Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis.

    4. № PFAM ID Bacillus subtilis
    1. O34667 LUXS_BACSU

    Встречается только 1 раз и только в заданном белке.

  4. Доменные перестройки,в которых встречается LuxS.

    5. Домен PF02664 (LuxS) не встречается в сочетании ни с какими доменами,во всех белках он расположен один. Бывает как на N-, так и на С-конце последовательности.
    A8M1831_SALAI: - N-концевой
    C0WI46_9CORY: - C-концевой
    A0MTD8_9BIFI: и Q1A4A0_9BACT: - иногда встречается только фрагменты.

  5. Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена LUXS_BACSU.

    6. seed.msf

  6. Описание мотивов в разных БД.

    1. Cамый короткий мотив - LUXSPROTEIN, описанный в PRINTS.Распознающее правило - fingerprints.
    2. Cамые длинные мотивы - S-ribosylhomocysteinase, описанный в CATH и LuxS, описаный в HAMAP. Распознающее правило CATH основано на иерархической классификации всех доменов по сходствам во вторичной структуре. В HAMAP используются профили.
    3. В InterPro интегрированы структурные подписи из PDB,CATH,SCOP и ModBase(см. Structural Features и Structural Predictions).
    4. Да,отличаются.В Pfam границы домена 2 - 156, в CATH и ModBase 4 - 157, PDB и SCOP 1 - 157.